[日本語] English
万見
- PDB-7e88: Crystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-515 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+88
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 S RBD in complex with BD-515 Fab
要素
  • BD-515 Fab Heavy Chain
  • BD-515 Fab Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Gao, C. / Wei, Y. / Xiao, J.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 variants elicited by inactivated and RBD-subunit vaccines.
著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Yali Bai / Weijin Huang / Xiaofeng Li / Zhiying Zhang / Tianjiao Yuan / Ran An / Jing Wang / Tianhe Xiao / Shuo Du / Wenping Ma / Liyang Song / Yongzheng Li ...著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Yali Bai / Weijin Huang / Xiaofeng Li / Zhiying Zhang / Tianjiao Yuan / Ran An / Jing Wang / Tianhe Xiao / Shuo Du / Wenping Ma / Liyang Song / Yongzheng Li / Xiang Li / Weiliang Song / Jiajing Wu / Shuo Liu / Xuemei Li / Yonghong Zhang / Bin Su / Xianghua Guo / Yangyang Wei / Chuanping Gao / Nana Zhang / Yifei Zhang / Yang Dou / Xiaoyu Xu / Rui Shi / Bai Lu / Ronghua Jin / Yingmin Ma / Chengfeng Qin / Youchun Wang / Yingmei Feng / Junyu Xiao / Xiaoliang Sunney Xie /
要旨: SARS-CoV-2 variants could induce immune escape by mutations on the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain (NTD). Here we report the humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 ...SARS-CoV-2 variants could induce immune escape by mutations on the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain (NTD). Here we report the humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 variants, such as 501Y.V2 (B.1.351), of the plasma and neutralizing antibodies (NAbs) elicited by CoronaVac (inactivated vaccine), ZF2001 (RBD-subunit vaccine) and natural infection. Among 86 potent NAbs identified by high-throughput single-cell VDJ sequencing of peripheral blood mononuclear cells from vaccinees and convalescents, near half anti-RBD NAbs showed major neutralization reductions against the K417N/E484K/N501Y mutation combination, with E484K being the dominant cause. VH3-53/VH3-66 recurrent antibodies respond differently to RBD variants, and K417N compromises the majority of neutralizing activity through reduced polar contacts with complementarity determining regions. In contrast, the 242-244 deletion (242-244Δ) would abolish most neutralization activity of anti-NTD NAbs by interrupting the conformation of NTD antigenic supersite, indicating a much less diversity of anti-NTD NAbs than anti-RBD NAbs. Plasma of convalescents and CoronaVac vaccinees displayed comparable neutralization reductions against pseudo- and authentic 501Y.V2 variants, mainly caused by E484K/N501Y and 242-244Δ, with the effects being additive. Importantly, RBD-subunit vaccinees exhibit markedly higher tolerance to 501Y.V2 than convalescents, since the elicited anti-RBD NAbs display a high diversity and are unaffected by NTD mutations. Moreover, an extended gap between the third and second doses of ZF2001 leads to better neutralizing activity and tolerance to 501Y.V2 than the standard three-dose administration. Together, these results suggest that the deployment of RBD-vaccines, through a third-dose boost, may be ideal for combating SARS-CoV-2 variants when necessary, especially for those carrying mutations that disrupt the NTD supersite.
履歴
登録2021年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BD-515 Fab Heavy Chain
B: BD-515 Fab Light Chain
C: Spike protein S1
D: BD-515 Fab Heavy Chain
E: BD-515 Fab Light Chain
F: Spike protein S1
G: BD-515 Fab Heavy Chain
H: BD-515 Fab Light Chain
I: Spike protein S1
J: BD-515 Fab Heavy Chain
K: BD-515 Fab Light Chain
L: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,60012
ポリマ－275,60012
非ポリマー00
水00
1
A: BD-515 Fab Heavy Chain
B: BD-515 Fab Light Chain
C: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9003
ポリマ－68,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: BD-515 Fab Heavy Chain
E: BD-515 Fab Light Chain
F: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9003
ポリマ－68,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: BD-515 Fab Heavy Chain
H: BD-515 Fab Light Chain
I: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9003
ポリマ－68,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: BD-515 Fab Light Chain
J: BD-515 Fab Heavy Chain
K: BD-515 Fab Light Chain
L: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5394
ポリマ－92,5394
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.708, 107.600, 108.761
Angle α, β, γ (deg.)63.340, 80.950, 66.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 131 or resid 137 through 216))
21(chain D and resid 3 through 216)
31(chain G and resid 3 through 216)
41(chain J and (resid 3 through 131 or resid 137 through 216))
12chain B
22chain E
32chain H
42chain K
13chain C
23chain F
33chain I
43chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNSERSER(chain A and (resid 3 through 131 or resid 137 through 216))AA3 - 1313 - 131
121GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 3 through 131 or resid 137 through 216))AA137 - 216137 - 216
211GLNGLNPROPRO(chain D and resid 3 through 216)DD3 - 2163 - 216
311GLNGLNPROPRO(chain G and resid 3 through 216)GG3 - 2163 - 216
411GLNGLNSERSER(chain J and (resid 3 through 131 or resid 137 through 216))JJ3 - 1313 - 131
421GLYGLYPROPRO(chain J and (resid 3 through 131 or resid 137 through 216))JJ137 - 216137 - 216
112ASPASPGLYGLYchain BBB1 - 2121 - 212
212ASPASPGLYGLYchain EEE1 - 2121 - 212
312ASPASPGLYGLYchain HHH1 - 2121 - 212
412ASPASPGLYGLYchain KKK1 - 2121 - 212
113THRTHRGLYGLYchain CCC333 - 5261 - 194
213ASNASNGLYGLYchain FFF334 - 5262 - 194
313THRTHRGLYGLYchain III333 - 5261 - 194
413THRTHRGLYGLYchain LLL333 - 5261 - 194

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
BD-515 Fab Heavy Chain


分子量: 23484.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
BD-515 Fab Light Chain


分子量: 23639.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Spike protein S1


分子量: 21776.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→50 Å / Num. obs: 65090 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.589 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.17-3.223.50.40832730.8940.2470.4770.44498.6
3.22-3.283.50.37332690.9060.2270.4370.46498.5
3.28-3.353.50.332690.9290.1830.3520.47497.5
3.35-3.413.40.2531710.9480.1550.2960.47995.8
3.41-3.493.30.27930610.8920.1770.3320.90691.5
3.49-3.573.60.18332840.9740.1120.2150.49498.9
3.57-3.663.70.17632690.9750.1060.2060.50698.9
3.66-3.763.60.233090.9210.1230.2350.84298.6
3.76-3.873.60.12433120.9870.0740.1450.51398.5
3.87-3.993.60.14532620.9540.090.1710.86698.7
3.99-4.143.60.08732930.9930.0520.1020.54499.1
4.14-4.33.60.07232710.9940.0430.0840.58598
4.3-4.53.40.06332270.9950.0390.0740.61196.4
4.5-4.733.50.05631920.9950.0350.0670.60895.8
4.73-5.033.70.05332720.9960.0320.0620.60499.1
5.03-5.423.70.0533250.9960.030.0580.57499.2
5.42-5.963.60.04932740.9960.0290.0570.54798.9
5.96-6.823.30.04532220.9960.0280.0530.55996
6.82-8.593.60.03933050.9970.0240.0460.56299.3
8.59-503.50.03332300.9980.020.0390.62597

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CH4

7ch4


解像度: 3.14→49.43 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 2012 3.1 %
Rwork0.2173 62992 -
obs0.2185 65004 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.05 Å2 / Biso mean: 89.327 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.14→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18863 0 0 0 18863
残基数----2446
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3762X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
12D3762X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
13G3762X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
14J3762X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
21B4006X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
22E4006X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
23H4006X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
24K4006X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
31C3551X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
32F3551X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
33I3551X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
34L3551X-RAY DIFFRACTION13.227TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.14-3.220.41771290.34553875400484
3.22-3.310.39211560.31674529468598
3.31-3.40.33471290.29874506463596
3.4-3.510.33231440.29444356450094
3.51-3.640.30451430.27034610475399
3.64-3.780.31751460.27834574472098
3.78-3.960.30271550.26164565472098
3.96-4.170.24071350.20964669480499
4.17-4.430.24161510.18084508465997
4.43-4.770.21281360.16684505464196
4.77-5.250.21171480.16594600474899
5.25-60.23571500.18644633478399
6.01-7.560.26111420.21694516465897
7.56-49.430.1971480.194546469497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.7993 Å / Origin y: 23.3449 Å / Origin z: 21.2996 Å
111213212223313233
T0.6375 Å2-0.0562 Å20.0074 Å2-0.6028 Å2-0.0629 Å2--0.6764 Å2
L0.2898 °2-0.0865 °2-0.2025 °2-0.2367 °2-0.0007 °2--0.3038 °2
S-0.0003 Å °-0.0259 Å °0.0243 Å °-0.0162 Å °0.0311 Å °-0.0116 Å °-0.0703 Å °0.0221 Å °-0.029 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 216
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION1allC333 - 526
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 216
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 212
6X-RAY DIFFRACTION1allF334 - 526
7X-RAY DIFFRACTION1allG2 - 216
8X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 212
9X-RAY DIFFRACTION1allI333 - 526
10X-RAY DIFFRACTION1allJ3 - 216
11X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION1allL333 - 526

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る