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- PDB-7e7x: SARS-CoV-2 Spike Protein N terminal domain in Complex with N11 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e7x
タイトルSARS-CoV-2 Spike Protein N terminal domain in Complex with N11 Fab
要素
  • N11 Fab Light chain
  • N11 Fab heavy chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike / NTD / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, N-terminal domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike glycoprotein, N-terminal domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Zhang, Z. / Shuo, D. / Xiao, J.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 variants elicited by inactivated and RBD-subunit vaccines.
著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Yali Bai / Weijin Huang / Xiaofeng Li / Zhiying Zhang / Tianjiao Yuan / Ran An / Jing Wang / Tianhe Xiao / Shuo Du / Wenping Ma / Liyang Song / Yongzheng Li ...著者: Yunlong Cao / Ayijiang Yisimayi / Yali Bai / Weijin Huang / Xiaofeng Li / Zhiying Zhang / Tianjiao Yuan / Ran An / Jing Wang / Tianhe Xiao / Shuo Du / Wenping Ma / Liyang Song / Yongzheng Li / Xiang Li / Weiliang Song / Jiajing Wu / Shuo Liu / Xuemei Li / Yonghong Zhang / Bin Su / Xianghua Guo / Yangyang Wei / Chuanping Gao / Nana Zhang / Yifei Zhang / Yang Dou / Xiaoyu Xu / Rui Shi / Bai Lu / Ronghua Jin / Yingmin Ma / Chengfeng Qin / Youchun Wang / Yingmei Feng / Junyu Xiao / Xiaoliang Sunney Xie /
要旨: SARS-CoV-2 variants could induce immune escape by mutations on the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain (NTD). Here we report the humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 ...SARS-CoV-2 variants could induce immune escape by mutations on the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain (NTD). Here we report the humoral immune response to circulating SARS-CoV-2 variants, such as 501Y.V2 (B.1.351), of the plasma and neutralizing antibodies (NAbs) elicited by CoronaVac (inactivated vaccine), ZF2001 (RBD-subunit vaccine) and natural infection. Among 86 potent NAbs identified by high-throughput single-cell VDJ sequencing of peripheral blood mononuclear cells from vaccinees and convalescents, near half anti-RBD NAbs showed major neutralization reductions against the K417N/E484K/N501Y mutation combination, with E484K being the dominant cause. VH3-53/VH3-66 recurrent antibodies respond differently to RBD variants, and K417N compromises the majority of neutralizing activity through reduced polar contacts with complementarity determining regions. In contrast, the 242-244 deletion (242-244Δ) would abolish most neutralization activity of anti-NTD NAbs by interrupting the conformation of NTD antigenic supersite, indicating a much less diversity of anti-NTD NAbs than anti-RBD NAbs. Plasma of convalescents and CoronaVac vaccinees displayed comparable neutralization reductions against pseudo- and authentic 501Y.V2 variants, mainly caused by E484K/N501Y and 242-244Δ, with the effects being additive. Importantly, RBD-subunit vaccinees exhibit markedly higher tolerance to 501Y.V2 than convalescents, since the elicited anti-RBD NAbs display a high diversity and are unaffected by NTD mutations. Moreover, an extended gap between the third and second doses of ZF2001 leads to better neutralizing activity and tolerance to 501Y.V2 than the standard three-dose administration. Together, these results suggest that the deployment of RBD-vaccines, through a third-dose boost, may be ideal for combating SARS-CoV-2 variants when necessary, especially for those carrying mutations that disrupt the NTD supersite.
履歴
登録2021年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: N11 Fab heavy chain
L: N11 Fab Light chain
B: Spike protein S1
M: N11 Fab heavy chain
N: N11 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,1866
ポリマ－163,1866
非ポリマー00
水00
1
A: Spike protein S1
H: N11 Fab heavy chain
L: N11 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5933
ポリマ－81,5933
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
M: N11 Fab heavy chain
N: N11 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5933
ポリマ－81,5933
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.423, 113.279, 210.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 13 through 18 or resid 37...
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2chain "H"
d_2ens_2chain "M"
d_1ens_3chain "L"
d_2ens_3chain "N"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERLEUA1 - 6
d_12ens_1TYRGLNA17 - 32
d_13ens_1VALHISA42 - 46
d_14ens_1ASNGLUA48 - 63
d_15ens_1ASNLYSA66 - 160
d_16ens_1LEUASPA163 - 230
d_21ens_1SERASPD1 - 206
d_11ens_2GLYLYSB1 - 211
d_21ens_2GLYLYSE1 - 211
d_11ens_3ALATHRC1 - 211
d_21ens_3ALATHRF1 - 211

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999993429649, 8.8619924643E-5, -0.0036239211676), (9.26659920117E-5, -0.999999372603, 0.00111633612692), (-0.00362381996434, -0.00111666460645, -0.999992810469)0.194886428844, 56.6363090139, 265.16276722
2given(0.999968827757, 0.00748601417711, -0.00251059881122), (0.00747867486973, -0.999967770739, -0.00292008652129), (-0.00253237770557, 0.00290121954341, -0.999992584967)0.106859799, 56.6325722318, 264.995174665
3given(0.999980623265, 0.00201507058342, -0.00589004116266), (0.00199564704395, -0.999992558022, -0.00330171079321), (-0.0058966505094, 0.0032898923736, -0.999977202801)0.63512659888, 56.9334397323, 265.176981051

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 33869.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 N11 Fab heavy chain


分子量: 24911.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 N11 Fab Light chain


分子量: 22812.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 7.0, and 10% (w/v) polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→19.47 Å / Num. obs: 55745 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 53.31 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.17
反射 シェル解像度: 2.78→2.879 Å / Num. unique obs: 5095 / CC1/2: 0.938

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C2L

7c2l


解像度: 2.78→19.47 Å / SU ML: 0.3337 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.4856
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2789 1988 3.6 %
Rwork0.2484 53234 -
obs0.2495 55222 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9767 0 0 0 9767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007510019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.981313664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08441546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.80251354
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.814101430624
ens_2d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.509409969804
ens_3d_2LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.305957147808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.850.34461240.32253363X-RAY DIFFRACTION88.28
2.85-2.920.35111410.31323747X-RAY DIFFRACTION99.69
2.92-3.010.34791410.29723779X-RAY DIFFRACTION99.8
3.01-3.110.34851420.29093794X-RAY DIFFRACTION99.87
3.11-3.220.31981420.28633788X-RAY DIFFRACTION99.92
3.22-3.350.32671420.27953815X-RAY DIFFRACTION99.97
3.35-3.50.28231430.26073807X-RAY DIFFRACTION99.87
3.5-3.680.27611420.25273824X-RAY DIFFRACTION99.8
3.68-3.910.30081420.23923835X-RAY DIFFRACTION99.7
3.91-4.210.27421430.23293813X-RAY DIFFRACTION99.82
4.21-4.630.20311440.20093850X-RAY DIFFRACTION99.87
4.63-5.280.22351450.21083882X-RAY DIFFRACTION99.9
5.28-6.610.31531460.24343935X-RAY DIFFRACTION100
6.61-19.470.25261510.2494002X-RAY DIFFRACTION98.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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