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万見
- PDB-7e72: Crystal structure of Tie2-agonistic antibody in complex with huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+72
タイトルCrystal structure of Tie2-agonistic antibody in complex with human Tie2 Fn2-3
要素
  • Angiopoietin-1 receptor
  • the chimeric Fab fragment of 3H7 (heavy chain)
  • the chimeric Fab fragment of 3H7 (light chain)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / antigen-antibody complex / agonistic antibody / angiogenesis / vascular stabilization / receptor tyrosine kinase / Tie2
機能・相同性
機能・相同性情報


Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / endochondral ossification / regulation of vascular permeability / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / endothelial cell proliferation / sprouting angiogenesis ...Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / endochondral ossification / regulation of vascular permeability / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / endothelial cell proliferation / sprouting angiogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / growth factor binding / positive regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of intracellular signal transduction / microvillus / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / Tie2 Signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / basal plasma membrane / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / cell-cell junction / cell-cell signaling / signaling receptor activity / heart development / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / angiogenesis / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / apical plasma membrane / membrane raft / focal adhesion / centrosome / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiopoietin-1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.094 Å
データ登録者Kim, H.M. / Jo, G.H. / Hong, H.J. / Han, A.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Other governmentInstitute for Basic Science, IBS-R030-C1 韓国
Other governmentInstitute for Basic Science, IBS-R025-D1 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the clustering and activation of Tie2 receptor mediated by Tie2 agonistic antibody.
著者: Jo, G. / Bae, J. / Hong, H.J. / Han, A.R. / Kim, D.K. / Hong, S.P. / Kim, J.A. / Lee, S. / Koh, G.Y. / Kim, H.M.
履歴
登録2021年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: the chimeric Fab fragment of 3H7 (heavy chain)
B: the chimeric Fab fragment of 3H7 (light chain)
C: the chimeric Fab fragment of 3H7 (heavy chain)
D: the chimeric Fab fragment of 3H7 (light chain)
E: Angiopoietin-1 receptor
F: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,43140
ポリマ－140,3206
非ポリマー2,11034
水13,277737
1
A: the chimeric Fab fragment of 3H7 (heavy chain)
B: the chimeric Fab fragment of 3H7 (light chain)
E: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,52625
ポリマ－70,1603
非ポリマー1,36522
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: the chimeric Fab fragment of 3H7 (heavy chain)
D: the chimeric Fab fragment of 3H7 (light chain)
F: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,90515
ポリマ－70,1603
非ポリマー74512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.080, 77.340, 121.849
Angle α, β, γ (deg.)103.820, 96.890, 90.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 the chimeric Fab fragment of 3H7 (heavy chain)


分子量: 24388.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 抗体 the chimeric Fab fragment of 3H7 (light chain)


分子量: 23415.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質 Angiopoietin-1 receptor / Endothelial tyrosine kinase / Tunica interna endothelial cell kinase / Tyrosine kinase with Ig and ...Endothelial tyrosine kinase / Tunica interna endothelial cell kinase / Tyrosine kinase with Ig and EGF homology domains-2 / Tyrosine-protein kinase receptor TEK / Tyrosine-protein kinase receptor TIE-2 / hTIE2 / p140 TEK


分子量: 22355.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEK, TIE2, VMCM, VMCM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02763, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, 110 mM potassium dihydrogen phosphate, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.094→44.72 Å / Num. obs: 84953 / % possible obs: 91.04 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 7.126
反射 シェル解像度: 2.094→2.169 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.217 / Num. unique obs: 8247 / % possible all: 88.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X8M, 5MYA

5x8m

5mya


解像度: 2.094→44.72 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 2006 2.36 %
Rwork0.1826 82923 -
obs0.1838 84929 91.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.41 Å2 / Biso mean: 39.2863 Å2 / Biso min: 11.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.094→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9621 0 340 737 10698
Biso mean--45.99 36.27 -
残基数----1256
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0944-2.14670.29421420.2385572487
2.1467-2.20480.26811340.2232594292
2.2048-2.26970.26221510.2223593691
2.2697-2.34290.2761370.2174564487
2.3429-2.42670.25031530.2124594292
2.4267-2.52380.25611410.2074610293
2.5238-2.63870.29751450.2115606893
2.6387-2.77770.28331410.2072591691
2.7777-2.95180.25011420.203574589
2.9518-3.17960.24561440.1956609994
3.1796-3.49950.26621460.1749605493
3.4995-4.00560.19721430.1619580189
4.0056-5.04550.18381440.1354608993
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.9749 Å / Origin y: 15.1799 Å / Origin z: 89.5922 Å
111213212223313233
T0.4037 Å20.0146 Å2-0.0101 Å2-0.157 Å20.0044 Å2--0.198 Å2
L0.0531 °20.0193 °20.0347 °2--0.2301 °20.0526 °2--0.3836 °2
S-0.0054 Å °0.0082 Å °-0.0003 Å °0.0012 Å °-0.0027 Å °0.0421 Å °0.0055 Å °0.04 Å °0.0021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 311
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 214
5X-RAY DIFFRACTION1allE540 - 801
6X-RAY DIFFRACTION1allF540 - 801
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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