PDB-7e5v: Crystal structure of Phm7 in complex with inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e5v

タイトル

Crystal structure of Phm7 in complex with inhibitor

要素

Diels-Alderase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cyclase / diels-alderase / diels alder / [4+2] cycloaddition

機能・相同性

異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / Chem-HZC / Diels-Alderase phm7

機能・相同性情報

生物種

Pyrenochaetopsis sp. (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Fujiyama, K. / Kato, N. / Kinugasa, K. / Hino, T. / Takahashi, S. / Nagano, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H04665	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H05780	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H04658	日本

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons*.
著者: Fujiyama, K. / Kato, N. / Re, S. / Kinugasa, K. / Watanabe, K. / Takita, R. / Nogawa, T. / Hino, T. / Osada, H. / Sugita, Y. / Takahashi, S. / Nagano, S.

履歴

登録	2021年2月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e5v.cif.gz	250.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e5v.ent.gz	193.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e5v_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e5v_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7e5v_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	7e5v_validation.cif.gz	74 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e5tC 7e5uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mel-d 4h6x-2 1zy7-2 2gh6-1 7e5u-1 6vnd-d 2f29-2 7jom-1 4ad4-d 5eei-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diels-Alderase

B: Diels-Alderase

C: Diels-Alderase

ヘテロ分子

128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diels-Alderase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diels-Alderase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Diels-Alderase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.052, 149.881, 99.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.119, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Diels-Alderase 分子量: 41752.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrenochaetopsis sp. (菌類) / 遺伝子: phm7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5XAU0
#2: 化合物	ChemComp-HZC / [(1S,2S,5R)-5-methyl-2-propan-2-yl-cyclohexyl]methanamine 分子量: 169.307 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.54-1.62M Ammonium sulfate, 0.1M Tris HCl, 14-19% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→45.216 Å / Num. obs: 169791 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.59
反射シェル	解像度: 1.61→1.668 Å / Num. unique obs: 16956 / CC_1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
pointless	1.11.6	データスケーリング
Aimless	0.5.32	データスケーリング
MLPHARE	2.7.17	位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.11.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Phm7

解像度: 1.61→45.216 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.671 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	8514	5.014 %
R_work	0.1828	161276	-
all	0.184	-	-
obs	-	169790	99.827 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.514 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	0 Å²	-0.002 Å²
2-	-	0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→45.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8470	0	192	792	9454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	8885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.65	12078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.496	1.6	18344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.901	5	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.296	22.899	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.564	15	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.338	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9989
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	7541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	4256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.541	2.488	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.541	2.488	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.827	3.724	5559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.827	3.723	5560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.447	2.844	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.445	2.843	4420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.112	4.113	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.107	4.111	6508
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.962	30.286	9588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.884	29.82	9398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.652	0.264	585	0.25	11997	X-RAY DIFFRACTION	99.7463
1.652-1.697	0.278	581	0.234	11600	X-RAY DIFFRACTION	99.8688
1.697-1.746	0.255	545	0.216	11352	X-RAY DIFFRACTION	99.9664
1.746-1.8	0.255	633	0.206	10932	X-RAY DIFFRACTION	99.9395
1.8-1.859	0.225	538	0.195	10658	X-RAY DIFFRACTION	99.9554
1.859-1.924	0.221	522	0.189	10297	X-RAY DIFFRACTION	99.9446
1.924-1.997	0.229	526	0.187	9967	X-RAY DIFFRACTION	99.9428
1.997-2.078	0.214	523	0.187	9493	X-RAY DIFFRACTION	99.9102
2.078-2.171	0.21	430	0.181	9231	X-RAY DIFFRACTION	99.9897
2.171-2.277	0.22	444	0.181	8801	X-RAY DIFFRACTION	99.9243
2.277-2.4	0.224	471	0.177	8294	X-RAY DIFFRACTION	99.9658
2.4-2.545	0.221	464	0.183	7852	X-RAY DIFFRACTION	99.8799
2.545-2.721	0.206	388	0.174	7395	X-RAY DIFFRACTION	99.7309
2.721-2.939	0.215	373	0.181	6894	X-RAY DIFFRACTION	99.6982
2.939-3.219	0.196	326	0.179	6322	X-RAY DIFFRACTION	99.6403
3.219-3.598	0.207	323	0.175	5719	X-RAY DIFFRACTION	99.3913
3.598-4.154	0.189	301	0.167	5067	X-RAY DIFFRACTION	99.7213
4.154-5.085	0.17	253	0.159	4251	X-RAY DIFFRACTION	99.5139
5.085-7.182	0.221	176	0.201	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.4318
7.182-45.216	0.213	112	0.192	1830	X-RAY DIFFRACTION	98.5787

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