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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e5u | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Phm7 | ||||||||||||
![]() | Diels-Alderase | ||||||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / diels-alderase / diels alder / [4+2] / cycloaddition | ||||||||||||
Function / homology | Isomerases; Intramolecular lyases / isomerase activity / Diels-Alderase phm7![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fujiyama, K. / Kato, N. / Kinugasa, K. / Hino, T. / Takahashi, S. / Nagano, S. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons*. Authors: Fujiyama, K. / Kato, N. / Re, S. / Kinugasa, K. / Watanabe, K. / Takita, R. / Nogawa, T. / Hino, T. / Osada, H. / Sugita, Y. / Takahashi, S. / Nagano, S. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 253 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 202.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 487.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 505.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41752.055 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.54-1.62M Ammonium sulfate, 0.10M Tris HCl, 14-19% (v/v) Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jan 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999994 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.62→43.867242414 Å / Num. obs: 167533 / % possible obs: 99.76 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.2922462934 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.62→1.678 Å / Num. unique obs: 16704 / CC1/2: 0.674 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: SeMet derivative Resolution: 1.62→43.867 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.62→43.867 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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