PDB-7e5u: Crystal structure of Phm7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e5u

タイトル

Crystal structure of Phm7

要素

Diels-Alderase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / diels-alderase / diels alder / [4+2] / cycloaddition

機能・相同性

Diels-Alderase, C-terminal domain / 異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / isomerase activity / Diels-Alderase phm7

機能・相同性情報

生物種

Pyrenochaetopsis sp. (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Fujiyama, K. / Kato, N. / Kinugasa, K. / Hino, T. / Takahashi, S. / Nagano, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H04665	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H05780	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H04658	日本

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons*.
著者: Fujiyama, K. / Kato, N. / Re, S. / Kinugasa, K. / Watanabe, K. / Takita, R. / Nogawa, T. / Hino, T. / Osada, H. / Sugita, Y. / Takahashi, S. / Nagano, S.

履歴

登録	2021年2月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e5u.cif.gz	253 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e5u.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e5u_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e5u_full_validation.pdf.gz	505.2 KB	表示
XML形式データ	7e5u_validation.xml.gz	51.4 KB	表示
CIF形式データ	7e5u_validation.cif.gz	75.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e5tC 7e5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e5v-2 7e5v-1 5jal-d 7e5u-2 2rag-3 3d5e-2 3d5e-1 7bj5-1 2rag-4 1zy7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diels-Alderase

B: Diels-Alderase

C: Diels-Alderase

ヘテロ分子

128 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diels-Alderase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diels-Alderase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Diels-Alderase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.206, 150.481, 99.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Diels-Alderase 分子量: 41752.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrenochaetopsis sp. (菌類) / 遺伝子: phm7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5XAU0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.54-1.62M Ammonium sulfate, 0.10M Tris HCl, 14-19% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.999994 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999994 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→43.867242414 Å / Num. obs: 167533 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.2922462934 Å² / CC_1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.62→1.678 Å / Num. unique obs: 16704 / CC_1/2: 0.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
pointless	1.11.6	データスケーリング
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet derivative

解像度: 1.62→43.867 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	8357	4.99 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.191	167511	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→43.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8506	0	176	820	9502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	9057
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	12339
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.14	5164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1612

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.6384	0.3153	271	0.2777	5301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6384-1.6577	0.2929	277	0.2689	5346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6577-1.6779	0.2907	273	0.2623	5236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6779-1.6991	0.3163	278	0.2613	5275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6991-1.7215	0.2856	266	0.2496	5372	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7451	0.2907	264	0.2383	5251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7451-1.77	0.2651	245	0.2354	5321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.7964	0.2598	260	0.2175	5317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7964-1.8245	0.2582	269	0.2169	5299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8245-1.8544	0.2546	242	0.2074	5323	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8544-1.8864	0.2453	264	0.2017	5287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8864-1.9207	0.2345	246	0.2039	5302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9207-1.9576	0.2312	257	0.2045	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9576-1.9976	0.2591	249	0.1999	5326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9976-2.041	0.2267	243	0.2008	5351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0885	0.2467	308	0.1959	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0885-2.1407	0.2065	309	0.1917	5304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1407-2.1986	0.2298	282	0.1895	5266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1986-2.2633	0.2367	354	0.1872	5211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2633-2.3364	0.2216	296	0.188	5326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3364-2.4199	0.2405	323	0.1891	5247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4199-2.5167	0.228	271	0.2001	5337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5167-2.6313	0.2276	256	0.1917	5301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6313-2.77	0.2422	272	0.1934	5332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.9435	0.2279	307	0.1949	5294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9435-3.1707	0.2243	301	0.1871	5286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1707-3.4897	0.1923	312	0.173	5283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4897-3.9943	0.1861	314	0.1643	5315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9943-5.0313	0.1772	211	0.1505	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0313-43.867	0.207	337	0.1902	5334	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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