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- PDB-7e5e: Crystal structure of GDP-bound GNAS in complex with the cyclic pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e5e
タイトルCrystal structure of GDP-bound GNAS in complex with the cyclic peptide inhibitor GD20
要素
  • GD20
  • Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein / GNAS / adenylyl cyclase / inactive state / inhibitor / mRNA display / RaPID / cyclic peptide / GD20
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / Hedgehog 'off' state / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway ...PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / Hedgehog 'off' state / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / bone development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / cognition / platelet aggregation / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / GPER1 signaling / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hu, Q. / Dai, S. / Shokat, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: State-selective modulation of heterotrimeric G alpha s signaling with macrocyclic peptides.
著者: Dai, S.A. / Hu, Q. / Gao, R. / Blythe, E.E. / Touhara, K.K. / Peacock, H. / Zhang, Z. / von Zastrow, M. / Suga, H. / Shokat, K.M.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
C: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
D: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
E: GD20
F: GD20
G: GD20
H: GD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,38316
ポリマ－169,4688
非ポリマー1,9158
水5,927329
1
A: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
E: GD20
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, SPR data shows that the binding affinity (Kd) between GNAS and GD20 is 9.14 nM. Besides, in the crystal structure, each GNAS molecule has one molecule of GD20 binds to it.
  • 42.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8464
ポリマ－42,3672
非ポリマー4792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
2
B: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
F: GD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8464
ポリマ－42,3672
非ポリマー4792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
3
C: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
G: GD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8464
ポリマ－42,3672
非ポリマー4792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
4
D: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
H: GD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8464
ポリマ－42,3672
非ポリマー4792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.105, 81.771, 76.912
Angle α, β, γ (deg.)81.266, 83.844, 90.698
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 40512.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63092
#2: タンパク質・ペプチド
GD20


分子量: 1854.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1M Tris 8.2, 26% PEG 4000, 0.8M LiCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 95974 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.71 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 1.202 / Mean I/σ(I) obs: 0.815 / Num. unique obs: 4489 / CC1/2: 0.422 / Rpim(I) all: 0.762

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AU6

6au6


解像度: 1.95→48.54 Å / SU ML: 0.2546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.8601
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 4043 4.92 %
Rwork0.2176 78155 -
obs0.2196 82198 80.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11295 0 116 329 11740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003611661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.692415807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04631714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.61194311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.4425160.299374X-RAY DIFFRACTION11.33
1.97-1.990.3914340.2751648X-RAY DIFFRACTION19.2
1.99-2.020.2798480.285866X-RAY DIFFRACTION26.18
2.02-2.050.2942620.26451047X-RAY DIFFRACTION32.03
2.05-2.070.3526720.26281338X-RAY DIFFRACTION39.08
2.07-2.10.3136890.27031519X-RAY DIFFRACTION46.61
2.1-2.130.3161950.26041917X-RAY DIFFRACTION57.42
2.13-2.170.28091150.25692345X-RAY DIFFRACTION70.25
2.17-2.20.31781490.25042905X-RAY DIFFRACTION86.54
2.2-2.240.3081580.25213128X-RAY DIFFRACTION93.75
2.24-2.280.29861690.25753202X-RAY DIFFRACTION96.26
2.28-2.330.29311620.24273254X-RAY DIFFRACTION96.5
2.33-2.370.31011540.23823196X-RAY DIFFRACTION97.36
2.37-2.430.30461620.25033310X-RAY DIFFRACTION97.39
2.43-2.480.32311520.24553262X-RAY DIFFRACTION97.71
2.48-2.540.27881530.24423274X-RAY DIFFRACTION97.52
2.54-2.610.28751820.25353266X-RAY DIFFRACTION97.68
2.61-2.690.3281870.25093210X-RAY DIFFRACTION97.9
2.69-2.780.3281800.25713293X-RAY DIFFRACTION98.11
2.78-2.880.3091540.26323287X-RAY DIFFRACTION98.06
2.88-2.990.28851580.24563282X-RAY DIFFRACTION98.4
2.99-3.130.29621810.2343270X-RAY DIFFRACTION98.29
3.13-3.290.27211790.23323274X-RAY DIFFRACTION98.63
3.29-3.50.23741930.21253279X-RAY DIFFRACTION98.58
3.5-3.770.21721860.1883284X-RAY DIFFRACTION98.66
3.77-4.150.19841610.17273341X-RAY DIFFRACTION98.79
4.15-4.750.18531730.15713277X-RAY DIFFRACTION98.94
4.75-5.980.18431550.17373329X-RAY DIFFRACTION99.17
5.98-48.540.20071640.17163178X-RAY DIFFRACTION95.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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