PDB-7e52: Acinetobacter baumannii Thioredoxin reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+52

タイトル

Acinetobacter baumannii Thioredoxin reductase

要素

Thioredoxin reductase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / TrxR / Thioredoxin reductase / Acinetobacter baumannii

機能・相同性

FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii 940793 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Park, H.H. / Chun, H.L.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acinetobacter baumannii Thioredoxin reductase
著者: Park, H.H. / Chun, H.L.

履歴

登録	2021年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e52.cif.gz	75.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e52.ent.gz	52.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/7e52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1trbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eye-d 3ish-2 2q7v-d 1vdc-1 1tdf-1 4ccr-1 4hi4-d 7aaw-d 2j0q-1 4g33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.100, 60.110, 73.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.445, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 分子量: 34864.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii 940793 (バクテリア) 遺伝子: trxB, J532_3818 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A062FG66, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 1000, 0.1M Tris-HCl (pH 6.4), 50mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→26.895 Å / Num. obs: 25409 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.949 Å / R_merge(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 26880

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TRB

1trb

解像度: 1.9→26.894 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	1271	5.004 %
R_work	0.2141	24131	-
all	0.216	-	-
obs	-	25402	99.847 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.439 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.028 Å²	0 Å²	0.014 Å²
2-	-	-0.021 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2349	0	0	34	2383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.737	1.631	3241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.36	1.578	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.351	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.084	23.846	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.373	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.328	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.189	4.012	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.187	4.008	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.779	5.977	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.779	5.981	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.47	4.591	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.468	4.595	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.233	6.639	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.23	6.642	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.997	46.766	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.997	46.77	2415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.305	93	0.303	1772	X-RAY DIFFRACTION	99.9464
1.949-2.003	0.33	93	0.287	1748	X-RAY DIFFRACTION	99.8373
2.003-2.061	0.311	86	0.263	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.306	87	0.252	1641	X-RAY DIFFRACTION	99.8844
2.124-2.193	0.257	83	0.245	1583	X-RAY DIFFRACTION	99.7008
2.193-2.27	0.276	80	0.238	1526	X-RAY DIFFRACTION	99.8136
2.27-2.356	0.27	78	0.237	1482	X-RAY DIFFRACTION	99.872
2.356-2.452	0.298	76	0.247	1444	X-RAY DIFFRACTION	99.9343
2.452-2.561	0.315	72	0.258	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.561-2.686	0.27	69	0.245	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.83	0.299	66	0.242	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.002	0.277	62	0.261	1171	X-RAY DIFFRACTION	99.919
3.002-3.208	0.273	58	0.236	1111	X-RAY DIFFRACTION	100
3.208-3.465	0.252	55	0.22	1031	X-RAY DIFFRACTION	99.908
3.465-3.794	0.27	50	0.206	947	X-RAY DIFFRACTION	99.501
3.794-4.24	0.182	45	0.166	872	X-RAY DIFFRACTION	99.7824
4.24-4.892	0.234	41	0.147	765	X-RAY DIFFRACTION	99.6292
4.892-5.981	0.216	34	0.18	661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.981-8.417	0.16	27	0.178	511	X-RAY DIFFRACTION	100
8.417-26.89	0.207	16	0.173	289	X-RAY DIFFRACTION	96.8254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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