[日本語] English
万見
- PDB-7e4o: Class I Pimarane-Type Diterpene Synthases from Actinomycetes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e4o
タイトルClass I Pimarane-Type Diterpene Synthases from Actinomycetes
要素Sat1646
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / class I diterpene synthases / pimarane-type diterpenoids
機能・相同性Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Salinispora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yu, J.H. / Xing, B.Y. / Ma, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21877002, 81673332, 81991525, 81573326 中国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2021
タイトル: Functional characterization and structural bases of two class I diterpene synthases in pimarane-type diterpene biosynthesis
著者: Xing, B. / Yu, J. / Chi, C. / Ma, X. / Xu, Q. / Li, A. / Ge, Y. / Wang, Z. / Liu, T. / Jia, H. / Yin, F. / Guo, J. / Huang, L. / Yang, D. / Ma, M.
履歴
登録2021年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sat1646


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3461
ポリマ－33,3461
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Sat1646

A: Sat1646


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6922
ポリマ－66,6922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.013, 89.013, 70.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 Sat1646


分子量: 33346.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salinispora (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% v/v Tacsimate TM pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 2% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 10288 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 45
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 25.9 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1001

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E4N

7e4n


解像度: 2.5→27.36 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1016 10.01 %
Rwork0.2228 9129 -
obs0.228 10145 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.72 Å2 / Biso mean: 71.4443 Å2 / Biso min: 43.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 0 56 2307
Biso mean---64.13 -
残基数----289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.630.36971380.28651249138797
2.64-2.80.33011420.27341258140098
2.8-3.020.33861420.27711276141899
3.02-3.320.32331450.268513021447100
3.32-3.80.33631450.224513111456100
3.8-4.780.25071480.206213281476100
4.78-27.360.22021560.19321405156199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.7481 Å / Origin y: -34.1284 Å / Origin z: -8.3305 Å
111213212223313233
T0.5823 Å20.0465 Å20.0639 Å2-0.4825 Å20.006 Å2--0.523 Å2
L1.6928 °2-0.7568 °20.0339 °2-0.6516 °2-0.0367 °2--1.1777 °2
S0.1604 Å °0.1601 Å °0.072 Å °-0.2568 Å °-0.1711 Å °-0.3317 Å °-0.0682 Å °-0.134 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 291
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 67

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る