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万見
- PDB-7e44: Crystal structure of NudC complexed with dpCoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+44
タイトルCrystal structure of NudC complexed with dpCoA
要素NADH pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / NudC / dpCoA.
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / NAD+ diphosphatase / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
NAD-capped RNA hydrolase NudC / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DEPHOSPHO COENZYME A / NAD-capped RNA hydrolase NudC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, W. / Guan, Z.Y. / Yin, P. / Zhang, D.L.
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into dpCoA-RNA decapping by NudC.
著者: Zhou, W. / Guan, Z. / Zhao, F. / Ye, Y. / Yang, F. / Yin, P. / Zhang, D.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH pyrophosphatase
B: NADH pyrophosphatase
E: NADH pyrophosphatase
F: NADH pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,36910
ポリマ－119,7334
非ポリマー1,6376
水10,845602
1
A: NADH pyrophosphatase
B: NADH pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9974
ポリマ－59,8662
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: NADH pyrophosphatase
F: NADH pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3726
ポリマ－59,8662
非ポリマー1,5064
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.837, 61.651, 93.893
Angle α, β, γ (deg.)97.243, 100.386, 111.139
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 12 through 255)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 12 through 254 or (resid 255...
d_3ens_1(chain "E" and resid 12 through 255)
d_4ens_1(chain "F" and (resid 12 through 254 or (resid 255...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1TRPGLUA12 - 255
d_21ens_1TRPGLUC1 - 244
d_31ens_1TRPGLUE13 - 256
d_41ens_1TRPGLUH13 - 256

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0507335736566, -0.518039904513, 0.853850550059), (-0.603952165372, -0.664994884955, -0.439344494589), (0.795404228331, -0.537974404889, -0.279133755103)-15.4806558869, -2.82208517984, 18.9613570508
2given(0.0967255739254, -0.697940794744, 0.709593412019), (-0.612595502479, -0.603647844206, -0.510231350005), (0.784455807354, -0.385341312627, -0.485943576036)4.16760883788, -21.666394355, -25.0365164561
3given(0.973611641882, 0.142840294707, 0.17798039499), (-0.128333890497, 0.987586640778, -0.0905706326968), (-0.188708196278, 0.065339705885, 0.979857101568)16.5510164285, -19.4534015131, -45.0355234674

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要素

#1: タンパク質
NADH pyrophosphatase


分子量: 29933.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
株: BL21(DE3) / 遺伝子: nudC, ECBD_4036, HO396_19860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A140SS78, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-COD / DEPHOSPHO COENZYME A


分子量: 687.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H35N7O13P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium succinate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→90.33 Å / Num. obs: 80253 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 5889 / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.143

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ISY

5isy


解像度: 2→90.33 Å / SU ML: 0.2539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.327
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 3998 4.99 %
Rwork0.234 76133 -
obs0.2347 80131 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→90.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8229 0 92 602 8923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01418544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.407211620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01361502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.23123182
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.54610528972
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.66332318119
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.6532206899
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.34861240.28482578X-RAY DIFFRACTION95.07
2.02-2.050.27891310.27652658X-RAY DIFFRACTION96.24
2.05-2.070.34521260.28422567X-RAY DIFFRACTION96.08
2.07-2.10.32151150.27462656X-RAY DIFFRACTION96.22
2.1-2.130.27381360.26672593X-RAY DIFFRACTION96.13
2.13-2.160.2881650.27572614X-RAY DIFFRACTION96.39
2.16-2.190.27531360.27662620X-RAY DIFFRACTION96.53
2.19-2.230.32741470.26332565X-RAY DIFFRACTION96.68
2.23-2.260.30321420.26962627X-RAY DIFFRACTION96.62
2.26-2.30.27131500.26532561X-RAY DIFFRACTION94.76
2.3-2.340.28031220.27562644X-RAY DIFFRACTION95.98
2.34-2.390.29781310.27322609X-RAY DIFFRACTION96.79
2.39-2.440.28661270.26582626X-RAY DIFFRACTION97.31
2.44-2.490.28661230.27072646X-RAY DIFFRACTION96.92
2.49-2.550.28911350.25942650X-RAY DIFFRACTION97.34
2.55-2.610.28711500.25932576X-RAY DIFFRACTION96.33
2.61-2.680.25941460.26392660X-RAY DIFFRACTION97.33
2.68-2.760.27861350.25662654X-RAY DIFFRACTION97.21
2.76-2.850.27971560.25462580X-RAY DIFFRACTION96.85
2.85-2.950.25171290.25862646X-RAY DIFFRACTION97.33
2.95-3.070.25881380.25562641X-RAY DIFFRACTION98.13
3.07-3.210.27551380.23812709X-RAY DIFFRACTION98.14
3.21-3.380.24431260.24142660X-RAY DIFFRACTION97.86
3.38-3.590.21831190.22712620X-RAY DIFFRACTION96.24
3.59-3.870.21681380.212687X-RAY DIFFRACTION98.71
3.87-4.260.22911570.19172645X-RAY DIFFRACTION98.91
4.26-4.880.17231260.17462680X-RAY DIFFRACTION98.59
4.88-6.140.22441620.2062671X-RAY DIFFRACTION98.88
6.14-90.330.22691680.22032490X-RAY DIFFRACTION93.3
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.02178554241 Å / Origin y: -11.9390956206 Å / Origin z: -13.4275061816 Å
111213212223313233
T0.196162846467 Å2-0.0197093721484 Å2-0.0197211403714 Å2-0.189179835884 Å20.0377211604076 Å2--0.221584782014 Å2
L0.481043153505 °2-0.0662926302667 °2-0.0680540948974 °2-0.443698700317 °20.190019893655 °2--0.588302644263 °2
S0.0533073323042 Å °-0.0459532836084 Å °-0.00985869803754 Å °0.0781835482632 Å °-0.0242493824115 Å °-0.0527638654008 Å °0.0488822735365 Å °-0.0325183128802 Å °-0.0301709094262 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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