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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SAH bound TrmL from Vibrio vulnificus | ||||||
要素 | tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / tRNA modification / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / SAM / SAH / tRNA_Leu / cytidine/uridine-2'-O-methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / tRNA methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Son, J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of SAH bound TrmL from Vibrio vulnificus 著者: Kim, J. / Son, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e3q.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e3q.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4kdzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 1 - 158 / Label seq-ID: 1 - 158
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18828.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (ビブリオ・バルニフィカス) 株: MO6-24/O / 遺伝子: trmL, CRN52_04235 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1W6M7K7, tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SAH / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-hydrochloride pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 40% v/v tert-Butano |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 9778 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.22 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 67737 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KDZ 解像度: 2.7→49.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 14.322 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.47 Å2 / Biso mean: 34.985 Å2 / Biso min: 2.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→49.49 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 4399 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.701→2.771 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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