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- PDB-7e36: A [6+4]-cycloaddition adduct is the biosynthetic intermediate in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+36
タイトルA [6+4]-cycloaddition adduct is the biosynthetic intermediate in streptoseomycin biosynthesis
要素
  • Alkanesulfonate monooxygenase SsuD/methylene tetrahydromethanopterin reductase-like flavin-dependent oxidoreductase (Luciferase family)
  • FMN-dependent oxidoreductase (Nitrilotriacetate monooxygenase family)
キーワードOXIDOREDUCTASE / nargenicin / BIOSYNTHETIC PROTEIN / Oxidase
機能・相同性Nitrilotriacetate monooxygenase component A/pristinamycin IIA synthase subunit A / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / FMN-dependent oxidoreductase (Nitrilotriacetate monooxygenase family) / Alkanesulfonate monooxygenase SsuD/methylene tetrahydromethanopterin reductase-like flavin-dependent oxidoreductase (Luciferase family)
機能・相同性情報
生物種Nocardia tenerifensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21572100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81522042 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773591 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81421091 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81500059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81673333 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21672101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21661140001 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A [6+4]-cycloaddition adduct is the biosynthetic intermediate in streptoseomycin biosynthesis.
著者: Wang, K.B. / Wang, W. / Zhang, B. / Wang, X. / Chen, Y. / Zhu, H.J. / Liang, Y. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkanesulfonate monooxygenase SsuD/methylene tetrahydromethanopterin reductase-like flavin-dependent oxidoreductase (Luciferase family)
B: FMN-dependent oxidoreductase (Nitrilotriacetate monooxygenase family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,57515
ポリマ－80,7582
非ポリマー81713
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.280, 104.990, 75.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alkanesulfonate monooxygenase SsuD/methylene tetrahydromethanopterin reductase-like flavin-dependent oxidoreductase (Luciferase family) / NftO2


分子量: 34339.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nocardia tenerifensis (バクテリア)
株: NBRC 101015 / 遺伝子: DFR70_1157
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A318JWT9
#2: タンパク質 FMN-dependent oxidoreductase (Nitrilotriacetate monooxygenase family) / NftO1


分子量: 46418.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nocardia tenerifensis (バクテリア)
株: NBRC 101015 / 遺伝子: DFR70_1156
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A318JQQ2

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非ポリマー , 6種, 504分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→75.54 Å / Num. obs: 54007 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 180663 / Scaling rejects: 305
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.052.90.5731129739170.6190.3970.71.797.4
8.94-75.5430.03719136330.9960.0240.04414.499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TVL

1tvl


解像度: 2→51 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 1997 3.7 %
Rwork0.1645 51912 -
obs0.166 53909 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.67 Å2 / Biso mean: 33.5148 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5459 0 39 491 5989
Biso mean--51.24 38.35 -
残基数----714
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.25611380.23393598373697
2.05-2.10.24681410.21993663380499
2.1-2.170.28031430.199437193862100
2.17-2.240.24831440.18637273871100
2.24-2.320.22931400.170536543794100
2.32-2.410.22131430.169637083851100
2.41-2.520.21851410.17137143855100
2.52-2.650.22291440.177237153859100
2.65-2.820.23171430.174437373880100
2.82-3.030.19191440.172737203864100
3.03-3.340.2441420.164437123854100
3.34-3.820.19421440.14537273871100
3.82-4.820.1621440.130937403884100
4.82-510.16291460.160937783924100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.8445 Å / Origin y: 1.5814 Å / Origin z: 12.2308 Å
111213212223313233
T0.1562 Å2-0.0091 Å2-0.0145 Å2-0.1516 Å2-0.0184 Å2--0.1653 Å2
L0.3185 °20.0893 °2-0.2082 °2-0.5043 °2-0.4205 °2--0.8382 °2
S0.0273 Å °-0.0242 Å °0.0374 Å °0.0116 Å °-0.0069 Å °0.0039 Å °-0.0542 Å °0.0215 Å °-0.017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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