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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+36 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | A [6+4]-cycloaddition adduct is the biosynthetic intermediate in streptoseomycin biosynthesis | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / nargenicin / BIOSYNTHETIC PROTEIN / Oxidase | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Nitrilotriacetate monooxygenase component A/pristinamycin IIA synthase subunit A / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / FMN-dependent oxidoreductase (Nitrilotriacetate monooxygenase family) / Alkanesulfonate monooxygenase SsuD/methylene tetrahydromethanopterin reductase-like flavin-dependent oxidoreductase (Luciferase family) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Nocardia tenerifensis (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, B. / Ge, H.M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: A [6+4]-cycloaddition adduct is the biosynthetic intermediate in streptoseomycin biosynthesis. 著者: Wang, K.B. / Wang, W. / Zhang, B. / Wang, X. / Chen, Y. / Zhu, H.J. / Liang, Y. / Tan, R.X. / Ge, H.M. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e36.cif.gz | 307.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e36.ent.gz | 244.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e36.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e36_validation.pdf.gz | 481.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e36_full_validation.pdf.gz | 489.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7e36_validation.xml.gz | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e36_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/7e36 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1tvlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34339.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nocardia tenerifensis (バクテリア) 株: NBRC 101015 / 遺伝子: DFR70_1157 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A318JWT9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46418.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nocardia tenerifensis (バクテリア) 株: NBRC 101015 / 遺伝子: DFR70_1156 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A318JQQ2 |
-非ポリマー , 6種, 504分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-MES / | #7: 化合物 | ChemComp-TRS / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97917 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→75.54 Å / Num. obs: 54007 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 180663 / Scaling rejects: 305 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TVL 解像度: 2→51 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 152.67 Å2 / Biso mean: 33.5148 Å2 / Biso min: 13.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→51 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.8445 Å / Origin y: 1.5814 Å / Origin z: 12.2308 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |