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万見
- PDB-7e2r: The ligand-free structure of Arabidopsis thaliana GUN4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e2r
タイトルThe ligand-free structure of Arabidopsis thaliana GUN4
要素Tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic
キーワードSIGNALING PROTEIN / GUN4 / LIGAND BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast-nucleus signaling pathway / chloroplast membrane / chlorophyll biosynthetic process / tetrapyrrole binding / positive regulation of catalytic activity / chloroplast / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
GUN4-like / GUN4-like superfamily / GUN4-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, L. / Hu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503703 中国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of bilin binding by the chlorophyll biosynthesis regulator GUN4.
著者: Hu, J.H. / Chang, J.W. / Xu, T. / Wang, J. / Wang, X. / Lin, R. / Duanmu, D. / Liu, L.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic
B: Tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2512
ポリマ－47,2512
非ポリマー00
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.758, 64.118, 55.705
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 78 through 94 or resid 96 through 227))
21(chain B and (resid 78 through 94 or resid 96 through 174 or resid 184 through 227))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARG(chain A and (resid 78 through 94 or resid 96 through 227))AA78 - 9410 - 26
12ALAALATHRTHR(chain A and (resid 78 through 94 or resid 96 through 227))AA96 - 22728 - 159
21ALAALAARGARG(chain B and (resid 78 through 94 or resid 96 through 174 or resid 184 through 227))BB78 - 9410 - 26
22ALAALALEULEU(chain B and (resid 78 through 94 or resid 96 through 174 or resid 184 through 227))BB96 - 17428 - 106
23TYRTYRTHRTHR(chain B and (resid 78 through 94 or resid 96 through 174 or resid 184 through 227))BB184 - 227116 - 159

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要素

#1: タンパク質 Tetrapyrrole-binding protein, chloroplastic / Genomes uncoupled 4


分子量: 23625.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GUN4, At3g59400, F25L23_260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LX31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris, Polythylene glycol monomethyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15049 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.813 / Num. unique obs: 1495 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.486 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xkb

4xkb


解像度: 2.3→42.04 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 691 4.6 %
Rwork0.1946 14318 -
obs0.1961 15009 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.68 Å2 / Biso mean: 32.5839 Å2 / Biso min: 16.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 0 178 2576
Biso mean---36.1 -
残基数----290
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1350X-RAY DIFFRACTION12.566TORSIONAL
12B1350X-RAY DIFFRACTION12.566TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.480.32251430.262528362979100
2.48-2.730.2921360.25392816295299
2.73-3.120.25431310.218728813012100
3.12-3.930.23351440.180328593003100
3.93-42.040.1581370.157529263063100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.6766 Å / Origin y: 27.4056 Å / Origin z: 43.7851 Å
111213212223313233
T0.1888 Å2-0.0374 Å20.0019 Å2-0.2136 Å20.0022 Å2--0.2212 Å2
L1.1203 °2-0.4097 °2-0.0117 °2-0.7398 °2-0.422 °2--2.1848 °2
S0.013 Å °-0.1469 Å °0.0034 Å °-0.0344 Å °-0.0399 Å °-0.0166 Å °-0.0566 Å °0.3675 Å °0.0161 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA78 - 227
2X-RAY DIFFRACTION1allB73 - 227
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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