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万見
- PDB-7e2a: GDPD mutant from Pyrococcus furiosus DSM 3638 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e2a
タイトルGDPD mutant from Pyrococcus furiosus DSM 3638
要素Glycerophosphodiester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / Glycerophosphate phosphodiesterase / Hydrolysis / glycerophosphorylcholine / lysophosphorylcholine
機能・相同性Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding / Glycerophosphodiester phosphodiesterase
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Wang, Y.H. / Wang, J. / Wang, F.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725022 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972014 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of glycerophoshphodiester phospodiesterase D60A mutant from Pyrococcus furiosus DSM
著者: Wang, Y.H. / Wang, J. / Wang, F.H.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphodiester phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3741
ポリマ－29,3741
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.890, 69.600, 89.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glycerophosphodiester phosphodiesterase


分子量: 29374.217 Da / 分子数: 1 / 変異: D60A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZI9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes (pH 7.5), 25% w/v PEG3350, 0.2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→23.45 Å / Num. obs: 18312 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 39.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Num. unique obs: 1340 / CC1/2: 0.831

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OEC

4oec


解像度: 2.08→23.45 Å / SU ML: 0.2141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5643
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 912 4.99 %
Rwork0.185 17349 -
obs0.1873 18261 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→23.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2040 0 0 68 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01412072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22962794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0645320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0588274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.190.29521340.24662432X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.30011290.2432432X-RAY DIFFRACTION99.81
2.33-2.510.24081360.20932429X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.760.28331240.20362465X-RAY DIFFRACTION99.96
2.76-3.160.2831330.20652470X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.970.22371160.1792503X-RAY DIFFRACTION100
3.97-23.450.18621400.1582618X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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