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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e1s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dehydrogenase/isomerase FabX from Helicobacter pylori in complex with octanoyl-ACP | ||||||
要素 |
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キーワード | FLAVOPROTEIN / Unsaturated fatty acid biosynthesis / FMN / 4Fe-4S cluster | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Kdo2-lipid A biosynthetic process / nitronate monooxygenase activity / dioxygenase activity / phosphopantetheine binding / acyl carrier activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, J.S. / Zhang, L. / Zhang, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Helicobacter pylori FabX contains a [4Fe-4S] cluster essential for unsaturated fatty acid synthesis. 著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Zeng, L. / Yu, L. / Duan, Y. / Shen, S. / Hu, J. / Zhang, P. / Song, W. / Ruan, X. / Jiang, J. / Zhang, Y. / Zhou, L. / Jia, J. / Hang, X. / Tian, C. / Lin, H. / Chen, ...著者: Zhou, J. / Zhang, L. / Zeng, L. / Yu, L. / Duan, Y. / Shen, S. / Hu, J. / Zhang, P. / Song, W. / Ruan, X. / Jiang, J. / Zhang, Y. / Zhou, L. / Jia, J. / Hang, X. / Tian, C. / Lin, H. / Chen, H.Z. / Cronan, J.E. / Bi, H. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e1s.cif.gz | 182.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e1s.ent.gz | 141.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e1s_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e1s_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e1s_validation.xml.gz | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e1s_validation.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 40871.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) 遺伝子: AM497_02530, B0X24_07955, B0X43_08370, BB415_05730, BB461_06560, BV499_05860, BZK23_04525, C2840_03950, C2844_03945, C2S07_02490, DB320_04065, DD749_04060, DD750_03440, DD754_03975, DD776_ ...遺伝子: AM497_02530, B0X24_07955, B0X43_08370, BB415_05730, BB461_06560, BV499_05860, BZK23_04525, C2840_03950, C2844_03945, C2S07_02490, DB320_04065, DD749_04060, DD750_03440, DD754_03975, DD776_04195, DD780_03830, EC524_01920, EC526_01900, EC558_05290, ECB91_05230, ECC12_03705, ECC36_03060, EGW00_07215, HPY1846_07480 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B2E3F3 #2: タンパク質 | 分子量: 9363.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of 2 ACP (residues 1-36 and 37-78) 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) 遺伝子: acpP, C2S08_00655, acpP, ACM27_07645, AEY52_04040, B0X51_03260, B0X63_05470, BB389_02970, BB399_05955, BB436_06630, BFR58_08310, BGL65_04100, BGL68_01550, C2R80_01075, C2S26_06440, D2C76_ ...遺伝子: acpP, C2S08_00655, acpP, ACM27_07645, AEY52_04040, B0X51_03260, B0X63_05470, BB389_02970, BB399_05955, BB436_06630, BFR58_08310, BGL65_04100, BGL68_01550, C2R80_01075, C2S26_06440, D2C76_07900, DB320_02975, DD746_02765, DD771_02980, EC538_03680, EC543_05790, EC570_04560, EC596_03965, EC600_01035, ECC09_04825, ECC20_05115, ECC36_06460, HPF20_0453, HPF211_0816, HPF63_0811, HPF94_0692, HPK25_01094, HPMKF3_0586, HPMKM1_0566, HPMKM6_0558, HPY1198_07760, NCTC12823_00687 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T6RV84, UniProt: A0A0B2DUK3 |
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-非ポリマー , 4種, 201分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES, pH 7.0, 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→105.479 Å / Num. obs: 46632 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IQL 解像度: 2.31→72.62 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→72.62 Å
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LS精密化 シェル |
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