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万見
- PDB-7e1l: Crystal structure of apo form PhlH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1l
タイトルCrystal structure of apo form PhlH
要素DUF1956 domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / TetR-family regulator / allosteric switching mechanism / biocontrol
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator YbiH, C-terminal / HTH-type transcriptional dual regulator CecR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...Transcription regulator YbiH, C-terminal / HTH-type transcriptional dual regulator CecR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, N. / Wu, J. / He, Y.X. / Ge, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970103 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for coordinating secondary metabolite production by bacterial and plant signaling molecules.
著者: Zhang, N. / Wu, J. / Zhang, S. / Yuan, M. / Xu, H. / Li, J. / Zhang, P. / Wang, M. / Kempher, M.L. / Tao, X. / Zhang, L.Q. / Ge, H. / He, Y.X.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1956 domain-containing protein
B: DUF1956 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9922
ポリマ－51,9922
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.950, 60.950, 234.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-343-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 14 - 222 / Label seq-ID: 23 - 231

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 DUF1956 domain-containing protein / PhlH


分子量: 25996.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: phlH, C0J56_17395 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4JIX5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 5000 MME, 12% v/v 1-Propanol, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 18248 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.619 / Num. unique obs: 898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 15.484 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 890 4.9 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
obs0.2085 17376 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.67 Å2 / Biso mean: 49.296 Å2 / Biso min: 21.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3058 0 0 98 3156
Biso mean---46.31 -
残基数----401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.6334268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2971.5656954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6475404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56621.987156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4715513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7451522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02615
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5440 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 58 -
Rwork-1239 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51250.15350.53350.1475-0.00620.2239-0.0312-0.0076-0.09990.02950.0534-0.0019-0.03810.0027-0.02220.0201-0.0185-0.00140.10490.02620.027511.37329.11811.082
20.1508-0.22370.45510.3321-0.67621.3814-0.0175-0.00260.01160.021-0.0029-0.0168-0.0264-0.00040.02040.0681-0.0236-0.04760.07530.02010.0335-3.24417.31125.221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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