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Yorodumi- PDB-7e1j: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 in... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7e1j | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 in space group C121 | |||||||||
Components | Capsid protein p24 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Matrix protein / Myo-inositol hexakisphosphate / Serial femtosecond X-ray crystallography / Ambient-temperature crystallography | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Human immunodeficiency virus 1 | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.72 Å | |||||||||
Authors | DeMirci, H. / Senda, T. / Destan, E. | |||||||||
| Funding support | United States, Turkey, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: to be publishedTitle: Crystal structure of Pr55Gag-matrix domain in complex with IP6 in space group C121 Authors: DeMirci, H. / Senda, T. / Destan, E. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7e1j.cif.gz | 293.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7e1j.ent.gz | 245.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7e1j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7e1j_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7e1j_full_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | |
| Data in XML | 7e1j_validation.xml.gz | 37 KB | Display | |
| Data in CIF | 7e1j_validation.cif.gz | 44.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1j | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13303.257 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Human immunodeficiency virus 1 / Gene: gag / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-IHP / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 3 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: PEG 3350 and 100 mM MES |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: May 2, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.72→48.75 Å / Num. obs: 25978 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 177762 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.72→44.414 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.42 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 191.83 Å2 / Biso mean: 67.9589 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.72→44.414 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Human immunodeficiency virus 1
X-RAY DIFFRACTION
United States,
Turkey, 2items
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