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- PDB-7e1b: Crystal structure of VbrR-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1b
タイトルCrystal structure of VbrR-DNA complex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • DNA-binding response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-binding response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.587 Å
データ登録者Hong, S. / Zhang, X. / Zhang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32025020, 31971120 中国
引用ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sin. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of phosphorylation-induced activation of the response regulator VbrR.
著者: Hong, S. / Guo, J. / Zhang, X. / Zhou, X. / Zhang, P. / Yu, F.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
B: DNA-binding response regulator
C: DNA-binding response regulator
D: DNA-binding response regulator
E: DNA-binding response regulator
F: DNA-binding response regulator
G: DNA-binding response regulator
H: DNA-binding response regulator
Y: DNA (26-MER)
Z: DNA (26-MER)
I: DNA (26-MER)
J: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,19612
ポリマ－231,19612
非ポリマー00
水0
1
A: DNA-binding response regulator
B: DNA-binding response regulator
C: DNA-binding response regulator
D: DNA-binding response regulator
Y: DNA (26-MER)
Z: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5986
ポリマ－115,5986
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14760 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area48780 Å2
手法PISA
2
E: DNA-binding response regulator
F: DNA-binding response regulator
G: DNA-binding response regulator
H: DNA-binding response regulator
I: DNA (26-MER)
J: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5986
ポリマ－115,5986
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area49620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)329.942, 114.064, 114.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
DNA-binding response regulator / Response regulator / Response regulator transcription factor / Transcriptional regulator


分子量: 24906.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: C9I78_18460, CA163_10520, CGH73_12770, CGI34_20580, CGI42_14750, D5E78_24805, F0L89_03250, F0L99_22745, WR32_19050
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8SKF9
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7863.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
発現宿主: Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8108.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
発現宿主: Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.6, and 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97818 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97818 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h-k-l,l,k / Fraction: 0.45
反射解像度: 4.587→50 Å / Num. obs: 15995 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.843 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.6-4.762.81.02416770.5340.7081.250.84872.7
4.76-4.952.90.8818290.5650.5961.0670.79679.4
4.95-5.183.20.8920410.6180.5751.0630.82688.9
5.18-5.453.30.79222840.6250.5080.9430.80898.7
5.45-5.793.30.61323030.7930.3950.7320.83199.8
5.79-6.243.20.43322760.8380.2850.520.84999.5
6.24-6.873.40.20523050.9610.130.2440.93899.7
6.87-7.863.40.10123190.9880.0640.120.9799.5
7.86-9.893.20.04223140.9970.0270.0510.93799.7
9.89-503.10.02623700.9980.0170.0320.59298.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.587→46.006 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 16.35 / 位相誤差: 34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3206 1657 10.36 %
Rwork0.2654 14386 -
obs0.2766 15995 71.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.28 Å2 / Biso mean: 140.2032 Å2 / Biso min: 80.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.587→46.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13328 2132 0 0 15460
残基数----1772
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
4.6013-4.74970.3621500.321640120
4.7497-4.91920.3636560.285563132
4.9192-5.11590.329970.299380140
5.1159-5.34840.37291200.2892101150
5.3484-5.630.35191270.332116957
5.63-5.9820.38311480.3292141369
5.982-6.44270.43061890.311164082
6.4427-7.0890.40732040.2934179289
7.089-8.10990.31872040.2871181990
8.1099-10.19930.27082030.2308184790
10.1993-46.0060.26521980.2189186289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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