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- PDB-7e17: Structure of dimeric uPAR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+17
タイトルStructure of dimeric uPAR
要素Urokinase plasminogen activator surface receptor
キーワードCELL INVASION / GPI-anchored protein
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of proteolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / cell projection / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Cai, Y. / Huang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077016 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and cellular functions of uPAR dimer
著者: Yu, S. / Sui, Y. / Wang, J. / Li, Y. / Li, H. / Cao, Y. / Chen, L. / Jiang, L. / Yuan, C. / Huang, M.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase plasminogen activator surface receptor
B: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4358
ポリマ－62,1082
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.580, 79.580, 270.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR / Monocyte activation antigen Mo3


分子量: 31053.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAUR, MO3, UPAR / プラスミド: PMT/BIP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Variant (発現宿主): S2 Cells / 参照: UniProt: Q03405
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5oC5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→56.27 Å / Num. obs: 37874 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 63.01 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 10.25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.96-3.047.2721.3122.059795134813470.6281.41799.9
3.04-3.127.2241.0632.529630133313330.71.15100
3.12-3.217.1840.8153.299404131013090.8520.88299.9
3.21-3.317.2270.6434.069251128012800.8150.696100
3.31-3.426.8380.5974.628288121912120.9120.65199.4
3.42-3.546.210.3966.397278119511720.960.43798.1
3.54-3.676.2950.3387.467132115311330.9730.37198.3
3.67-3.826.9330.2698.747723112011140.9810.29299.5
3.82-3.995.8650.2279.416141108310470.9850.25396.7
3.99-4.196.9530.14813.147162103310300.9910.16199.7
4.19-4.416.9030.10616.1367379809760.9950.11599.6
4.41-4.686.7820.08817.5163899469420.9970.09599.6
4.68-56.7860.09316.758908718680.9950.10199.7
5-5.46.7690.11415.0755988318270.9940.12499.5
5.4-5.926.7120.10215.7651287697640.9950.11199.3
5.92-6.626.5680.09316.4546837197130.9950.10199.2
6.62-7.646.170.07918.338076246170.9960.08698.9
7.64-9.366.5040.05223.5535385515440.9980.05698.7
9.36-13.246.0680.04624.6426884514430.9980.0598.2
13.24-56.275.1280.04221.8313642912660.9960.04891.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fd6

2fd6


解像度: 2.96→56.27 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2993 1729 5.04 %
Rwork0.2479 32570 -
obs0.2505 34299 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.02 Å2 / Biso mean: 61.3365 Å2 / Biso min: 29.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→56.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3467 0 84 0 3551
Biso mean--94.68 --
残基数----457
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.96-3.050.32861590.332326852844100
3.05-3.150.32711630.292127202883100
3.15-3.260.30811540.278326992853100
3.26-3.390.37651370.274927472884100
3.39-3.540.36071390.28042674281397
3.54-3.730.32761450.26712715286098
3.73-3.960.33051230.27182657278097
3.96-4.270.29661380.217827232861100
4.27-4.70.20781600.18227682928100
4.7-5.380.28381330.219427282861100
5.38-6.770.25791340.262327342868100
6.77-56.270.32531440.25052720286499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4579-1.12740.74492.43230.60123.6301-0.11861.3724-0.5821-0.56710.6910.02250.31051.332-0.39660.3737-0.0861-0.02340.7912-0.16560.539521.4211.9171286.907
20.98570.99281.29965.45472.17022.56970.0048-0.48610.67671.3369-0.1068-0.25090.2211-0.45340.03250.34030.0489-0.03420.5318-0.05470.529218.645814.7823295.5049
34.5168-1.99533.03322.8035-0.776.49750.12910.0231-0.37-0.6803-0.02280.6045-0.0132-0.5755-0.12660.50270.11320.03860.4049-0.09860.69097.172921.0371273.0995
42.7866-0.40390.15477.39444.8087.9616-0.53080.55080.19420.44080.5654-0.99770.53191.5961-0.03640.35420.02240.00660.48790.05320.462415.015817.3134290.2234
54.1421-0.7073-0.64998.7273-8.29988.9511-1.3524-0.35460.43830.18591.2165-0.9941-0.5271-1.97990.07960.5002-0.06080.02110.7572-0.19860.41313.113529.7077296.7654
62.05090.31131.28826.9237-1.01946.4127-0.9883-1.7171-0.0638-0.0468-0.19721.40530.90411.368-0.36960.52850.53530.30660.9805-0.00070.536712.637840.0955278.917
75.5343-1.3774-1.22924.31844.2094.16010.8649-0.7994-0.50670.1170.01070.1071.38620.5892-0.34560.73480.3318-0.04930.3816-0.02350.387223.531435.9942254.5838
82.78832.99861.72799.1664-0.34941.90490.60910.4416-0.5463-1.6394-1.0281-2.5571-0.2160.68390.21180.47740.08750.24991.1867-0.1420.837934.346628.5963246.3597
92.217-0.44443.56880.1102-0.63626.44930.64881.39820.01470.48790.16390.2035-0.46462.4069-0.33480.8373-0.1329-0.02260.85010.11780.642239.577529.9926257.4452
106.412-4.0956-6.19353.77684.12675.91330.5794-1.10090.82730.27830.7684-0.593-0.13840.9514-0.48520.73840.1785-0.01930.62150.14680.483525.428534.3298275.1123
111.7655-0.71112.14170.6098-0.45232.8613-0.51190.1053-0.6061-0.59490.31860.5886-0.682-0.27890.09440.9850.0729-0.28780.65380.00531.383818.311847.4949274.2927
124.9251-0.1735-1.27270.7741-0.56492.78740.055-1.27090.5855-0.24640.3115-0.0497-0.4298-0.2373-0.06091.04250.3667-0.1364-0.3872-0.23790.549119.284342.5173254.1601
133.04411.3676-3.78794.87090.18845.5032-1.0903-0.0182-0.8461-1.00750.3929-0.9077-0.683-0.90140.92811.13990.32040.13670.74010.22510.96535.605637.7191265.714
141.1221-0.187-0.28371.9891-0.71691.2294-0.3552-0.33990.10220.0077-0.0338-0.27540.0964-0.19570.35380.64610.08740.05770.43170.09430.543117.779741.2587245.837
157.58071.22642.64423.7724-0.27865.5854-0.2610.8036-0.7363-0.00650.0647-0.94760.86791.42740.230.85680.1885-0.06520.5124-0.02250.487433.377348.8119241.3837
161.69881.0013-0.91173.99880.0492.1553-0.2429-0.21630.02250.27160.23620.0246-0.26810.2949-0.02280.65340.0334-0.04120.50910.07930.310222.956449.3168249.0373
178.1647-0.54840.65934.99882.40552.0045-0.32090.67972.00483.52541.0257-0.2101-0.9685-0.4757-0.2630.74490.15930.11970.77730.01820.697416.426352.6261257.4625
187.0424-4.5562-2.03028.11995.14493.4267-1.3182-0.1803-0.6052.92240.51140.6072-1.09241.75980.34871.1135-0.1788-0.22080.68330.12010.55728.225848.3202259.2441
193.27752.4853.01024.63640.13514.5586-0.9892-0.55170.23152.37750.36680.31280.60870.94640.54580.78990.3639-0.07480.8058-0.1220.67822.650156.4044252.8623
205.37053.6519-1.88243.9733-0.26973.8784-0.916-0.15342.78670.63080.69350.7622-0.1192-0.2859-0.14120.82130.0329-0.04690.25230.05140.815522.598356.6155240.5955
213.23130.2217-3.14710.4714-0.05745.05530.66770.6136-0.0540.69230.473-0.86670.7102-0.2926-0.60870.67790.0692-0.02390.2866-0.0860.686931.289822.7034248.2474
221.4529-0.29441.24891.01080.39831.27350.1934-0.0326-0.03730.0319-0.27540.13150.19510.0763-0.07480.6146-0.1093-0.11630.38330.03710.680727.383221.1388250.2273
236.08480.0206-2.07573.55621.5544.6902-0.5802-0.5289-0.0660.01420.73980.5358-0.8768-0.8444-0.0330.59980.08970.01670.39970.15280.585221.574534.4644264.9788
245.92460.7088-5.06442.77071.40215.8491-0.27440.7588-0.3931-0.39140.2199-0.3255-0.8319-0.65250.19210.59140.1520.03630.56330.11250.461525.366929.7604262.0935
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394.7663-0.3951-1.44242.12182.16552.5218-0.4251-0.1129-0.28710.0436-1.31241.7632-0.9016-2.26821.13610.6735-0.0125-0.02610.5849-0.07410.6024-13.953219.2187288.7916
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:13)A0 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 14:26)A14 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 27:40)A27 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 41:48)A41 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 49:53)A49 - 53
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10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 85:98)A85 - 98
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16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 214:244)A214 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 245:250)A245 - 250
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 251:259)A251 - 259
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 260:267)A260 - 267
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 268:277)A268 - 277
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 0:6)B0 - 6
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 7:23)B7 - 23
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 24:37)B24 - 37
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 38:43)B38 - 43
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 44:56)B44 - 56
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 57:77)B57 - 77
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 78:83)B78 - 83
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 84:91)B84 - 91
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 92:99)B92 - 99
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 115:153)B115 - 153
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 154:171)B154 - 171
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 172:178)B172 - 178
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 179:195)B179 - 195
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 196:211)B196 - 211
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 212:225)B212 - 225
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 226:235)B226 - 235
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 236:249)B236 - 249
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 250:260)B250 - 260
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 261:266)B261 - 266
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 267:277)B267 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る