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万見
- PDB-7v63: Structure of dimeric uPAR at low pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v63
タイトルStructure of dimeric uPAR at low pH
要素Urokinase plasminogen activator surface receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / GPI-anchored protein
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of proteolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / cell projection / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.906 Å
データ登録者Yuan, C. / Huang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077016, 82070142, 31570745, 31670739 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and cellular functions of uPAR dimer
著者: Yu, S. / Sui, Y. / Wang, J. / Li, Y. / Li, H. / Cao, Y. / Chen, L. / Jiang, L. / Yuan, C. / Huang, M.
履歴
登録2021年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase plasminogen activator surface receptor
B: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7715
ポリマ－62,1082
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area24650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.449, 77.449, 275.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 79 or resid 154 through 251 or resid 261 through 277 or resid 1172))
21(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 79 or resid 154 through 251 or resid 261 through 277 or resid 1172))A1 - 79
121(chain A and (resid 1 through 79 or resid 154 through 251 or resid 261 through 277 or resid 1172))A154 - 251
131(chain A and (resid 1 through 79 or resid 154 through 251 or resid 261 through 277 or resid 1172))A261 - 277
141(chain A and (resid 1 through 79 or resid 154 through 251 or resid 261 through 277 or resid 1172))A1172
211(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B1 - 51
221(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B59 - 79
231(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B154 - 1
241(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B0 - 277
251(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B0 - 277
261(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B0 - 277
271(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B0 - 277
281(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B0 - 277
291(chain B and (resid 1 through 51 or resid 59...B0 - 277

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要素

#1: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR / Monocyte activation antigen Mo3


分子量: 31053.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPAR / プラスミド: PMT/BIP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 Cells / 参照: UniProt: Q03405
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5-5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 17605 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 0.969 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 157976
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-35.30.3139060.672148.2
3-3.126.20.38713000.673168.5
3.12-3.277.60.35216490.752187.2
3.27-3.4490.31818770.841197.9
3.44-3.659.90.22619140.936199.7
3.65-3.9410.20.1619191.0961100
3.94-4.3310.10.12119471.1421100
4.33-4.969.60.09719361.016199.3
4.96-6.249.90.09220011.081100
6.24-508.90.07521560.97199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.906→47.037 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 890 5.08 %
Rwork0.2393 16628 -
obs0.2409 17518 90.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.91 Å2 / Biso mean: 79.3821 Å2 / Biso min: 29.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.906→47.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2791 0 42 0 2833
Biso mean--120.65 --
残基数----371
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1070X-RAY DIFFRACTION10.844TORSIONAL
12B1070X-RAY DIFFRACTION10.844TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.906-3.08750.3644930.2737164355
3.0875-3.32590.2811460.2467257686
3.3259-3.66050.24861870.229296899
3.6605-4.18980.2581420.20893045100
4.1898-5.27760.25221650.20213090100
5.2776-47.0370.29731570.28913306100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9492-2.0052-0.13634.71364.35415.6505-0.3725-0.2903-0.5473-0.58990.1250.6680.6912-1.9607-0.25770.1808-0.1040.05681.16340.09040.672916.21018.481316.2243
21.93481.93040.07643.2905-1.19286.57990.56440.2858-0.15940.29450.30070.17671.1658-1.4331-0.16830.04510.04750.0860.8590.00570.335422.96512.426115.9795
33.90571.38712.30982.30082.17983.5330.6340.5297-0.3620.3443-0.53630.18570.09842.2266-0.14070.6441-0.25480.10050.59420.16910.354424.638412.567426.3408
41.1117-0.92860.60281.23840.61281.529-0.05820.16330.1239-0.1965-0.4674-0.6601-0.68590.2854-0.09440.47990.07720.17810.43780.06640.46121.137629.373428.6336
54.57241.4447-0.97825.8638-2.06333.5734-1.70880.4871.19890.17720.69650.9587-1.2084-1.4632-1.72270.7754-0.3488-0.32190.33350.18140.61367.882727.71755.3347
63.29410.92680.07724.8769-0.73135.4888-0.1979-0.2019-0.0961-0.0212-0.0552-0.6707-0.06111.04880.22390.7607-0.05210.06060.3526-0.05740.532821.187734.800944.9763
71.5539-0.1586-0.55025.09480.79482.63260.3754-0.60750.0560.7873-0.27210.3147-0.87660.01760.13441.0542-0.00610.0060.4021-0.01330.526113.274741.931960.9321
83.194-0.30330.11185.7246-0.17133.82590.09950.37020.27860.7094-0.399-0.3293-1.81150.06670.01540.96280.1331-0.14520.2557-0.02950.422316.44745.871153.0353
92.06612.20310.46014.4237-0.53451.76380.2729-0.59170.85580.27540.39940.3182-0.0308-0.26110.90951.58310.0416-0.00360.362-0.12390.570516.83552.492858.6641
103.1059-0.59790.02181.3262-0.60914.4587-0.11710.20280.32690.20510.2947-0.0822-0.99890.628-0.16060.8212-0.1090.06540.30730.09340.43724.405613.560749.6736
112.628-0.73370.76630.8065-0.13867.1712-0.05160.01060.12010.30110.66740.10640.1632-1.5238-0.10450.4122-0.0937-0.09920.3363-0.15630.38135.909219.006533.8999
125.47180.70231.80811.9469-0.65535.06560.230.0914-0.00840.0924-0.1160.13280.1115-0.5194-0.09910.3125-0.0263-0.00980.7892-0.02330.4227-7.468719.053615.6153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 33 )A13 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 46 )A34 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 69 )A47 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 154 )A70 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 155 through 183 )A155 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 184 through 210 )A184 - 210
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 211 through 261 )A211 - 261
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 262 through 277 )A262 - 277
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 46 )B0 - 46
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 47 through 156 )B47 - 156
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 157 through 277 )B157 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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