PDB-7e0m: Crystal structure of phospholipase D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e0m

タイトル

Crystal structure of phospholipase D

要素

Phospholipase

キーワード

HYDROLASE / phospholipase D / LIPID BINDING PROTEIN

機能・相同性

: / phosphorus metabolic process / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / catalytic activity / Phospholipase

機能・相同性情報

生物種

Serratia plymuthica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Wang, F.H.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of a Phospholipase D from the Plant-Associated Bacteria Serratia plymuthica Strain AS9 Reveals a Unique Arrangement of Catalytic Pocket.
著者: Wang, F. / Liu, S. / Mao, X. / Cui, R. / Yang, B. / Wang, Y.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e0m.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e0m.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e0m_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e0m_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	7e0m_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	7e0m_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6k3d-d 6i4b-1 7kz4-2 4peg-3 3g4g-4 7e0m-2 2yxv-2 6kbc-d 1u25-1 6lcd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospholipase

B: Phospholipase

ヘテロ分子

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospholipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospholipase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.780, 97.570, 117.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phospholipase 分子量: 43794.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Serratia plymuthica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4YJ13
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2 M Diammonium hydrogen phosphate, 0.1M imidazole/HCl pH7.8, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→78.81 Å / Num. obs: 82957 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.79→1.86 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5319 / CC_1/2: 0.685 / R_pim(I) all: 0.393 / Χ²: 0.83 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.79→23.88 Å / SU ML: 0.1804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.0286
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	4150	5 %
R_work	0.1695	78807	-
obs	0.1703	82957	97.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→23.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6096	0	5	793	6894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0112	6261
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4687	8537
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0781	943
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0104	1112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3942	2309

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.81	0.3712	107	0.3029	1957	X-RAY DIFFRACTION	73.98
1.81-1.83	0.2942	119	0.274	2093	X-RAY DIFFRACTION	78.02
1.83-1.85	0.282	109	0.2444	2291	X-RAY DIFFRACTION	86.05
1.85-1.88	0.2631	123	0.226	2532	X-RAY DIFFRACTION	93.62
1.88-1.9	0.265	150	0.2221	2531	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.9-1.93	0.2563	158	0.2071	2573	X-RAY DIFFRACTION	96.64
1.93-1.96	0.211	141	0.1917	2628	X-RAY DIFFRACTION	98.05
1.96-1.98	0.2339	134	0.1884	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.98-2.02	0.2001	127	0.186	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.02-2.05	0.2129	126	0.1761	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.05-2.08	0.2087	130	0.1801	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.08-2.12	0.1963	128	0.1746	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.12-2.16	0.2062	143	0.1771	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.16-2.21	0.2182	132	0.1707	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.21-2.25	0.2068	142	0.1697	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.25-2.31	0.1879	145	0.1653	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.31-2.37	0.2182	136	0.1672	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.37-2.43	0.1884	125	0.1689	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.43-2.5	0.2093	138	0.1803	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.5-2.58	0.2174	144	0.1757	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.58-2.67	0.1844	175	0.17	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.67-2.78	0.1888	149	0.1708	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-2.91	0.1919	159	0.1738	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.91-3.06	0.1957	134	0.1718	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.06-3.25	0.1873	131	0.1659	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.25-3.5	0.1776	150	0.16	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.5-3.85	0.1497	156	0.1513	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.85-4.41	0.152	155	0.1433	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.41-5.54	0.1494	152	0.1479	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.54-23.88	0.1593	132	0.1771	2913	X-RAY DIFFRACTION	99.19

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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