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- PDB-7e0e: Crystal structure of mouse interferon alpha2 at 2.1 angstrom reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0e
タイトルCrystal structure of mouse interferon alpha2 at 2.1 angstrom resolution
要素Interferon alpha-2
キーワードCYTOKINE / Interferon / Immune system / Mouse
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokine receptor binding / cytokine activity / defense response to virus / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Interferon alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Watanabe, H. / Yabe-Wada, T. / Unno, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06550 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Detailed structure of mouse interferon alpha 2 and its interaction with Sortilin.
著者: Watanabe, H. / Yabe-Wada, T. / Onai, N. / Unno, M.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8516
ポリマ－19,3871
非ポリマー4635
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.733, 42.733, 180.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

GOL

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要素

#1: タンパク質 Interferon alpha-2


分子量: 19387.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1AYH7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.803 Å / Num. obs: 10532 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.35 % / Biso Wilson estimate: 37.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 26.01 / Num. measured all: 130066
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.2312.8080.654.121185165416540.9630.677100
2.23-2.3812.5770.3826.8519582155815570.9840.39899.9
2.38-2.5712.3510.22810.8517785144014400.9950.238100
2.57-2.8212.9680.16615.4917481134813480.9960.173100
2.82-3.1512.3550.10224.8515209123112310.9980.106100
3.15-3.6312.4530.06238.7713661109710970.9990.065100
3.63-4.4411.9730.03961.54114469579560.9990.04199.9
4.44-6.2511.5650.03365.32888276876810.035100
6.25-29.80310.0520.02178.63483548248110.02399.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ITF

1itf


解像度: 2.102→29.803 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 526 5 %
Rwork0.1882 9986 -
obs0.1896 10512 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.81 Å2 / Biso mean: 50.0035 Å2 / Biso min: 20.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.102→29.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1218 0 29 93 1340
Biso mean--82.1 48.63 -
残基数----149
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.102-2.3130.25091270.20162405
2.313-2.64750.2461290.1972453
2.6475-3.33490.20621300.19922472
3.3349-29.8030.20471400.17822656
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.62252.2203-0.1944.8246-0.5575.46890.08960.452-0.01670.04640.1110.27920.2784-0.6412-0.15460.3056-0.0143-0.0090.3307-0.02340.126110.655528.423851.5918
25.08256.90932.42259.51223.30066.2055-1.64052.6150.6007-1.82691.51662.58911.3147-0.02560.0991.3028-0.1953-0.45561.3076-0.2991.508312.22916.957548.4689
34.81795.83493.73958.30764.87043.03920.5575-0.268-1.05910.811-0.1308-0.79411.1051-0.2832-0.46950.4967-0.0296-0.03850.21860.03280.39998.572516.89460.7735
44.92252.82861.12527.03673.185.59260.0172-0.0560.13490.29190.00540.37490.2875-0.77110.09820.26660.01070.05570.35780.00670.18143.441828.514962.455
53.19760.43870.78254.18790.19130.88660.18950.0731.0304-0.6755-0.147-0.0928-0.19470.17830.07881.6502-0.36340.45660.3727-0.2921.017515.29427.397155.2861
63.53751.46950.77863.11680.38074.29650.09310.0836-0.57680.02040.1211-0.22310.4754-0.1294-0.15720.2993-0.0038-0.05290.2263-0.01640.2516.618124.081957.5502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 42 )A4 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 49 )A43 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 68 )A50 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 98 )A69 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 112 )A99 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 113 through 161 )A113 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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