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Yorodumi- PDB-7e0e: Crystal structure of mouse interferon alpha2 at 2.1 angstrom reso... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e0e | ||||||
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Title | Crystal structure of mouse interferon alpha2 at 2.1 angstrom resolution | ||||||
Components | Interferon alpha-2 | ||||||
Keywords | CYTOKINE / Interferon / Immune system / Mouse | ||||||
Function / homology | Function and homology information cytokine receptor binding / cytokine activity / defense response to virus / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.102 Å | ||||||
Authors | Watanabe, H. / Yabe-Wada, T. / Unno, M. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J.Biochem. / Year: 2021 Title: Detailed structure of mouse interferon alpha 2 and its interaction with Sortilin. Authors: Watanabe, H. / Yabe-Wada, T. / Onai, N. / Unno, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e0e.cif.gz | 81.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7e0e.ent.gz | 60.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e0e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7e0e_validation.pdf.gz | 447.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7e0e_full_validation.pdf.gz | 449.4 KB | Display | |
Data in XML | 7e0e_validation.xml.gz | 9.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7e0e_validation.cif.gz | 12.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e0e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1itfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19387.285 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Ifna2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B1AYH7 | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: MES, PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→29.803 Å / Num. obs: 10532 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.35 % / Biso Wilson estimate: 37.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 26.01 / Num. measured all: 130066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ITF Resolution: 2.102→29.803 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.81 Å2 / Biso mean: 50.0035 Å2 / Biso min: 20.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.102→29.803 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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