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万見
- PDB-7e0c: Structure of L-glutamate oxidase R305E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0c
タイトルStructure of L-glutamate oxidase R305E mutant
要素L-glutamate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-glutamic acid oxidase / L-amino acid oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate oxidase / L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-glutamate oxidase precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. X-119-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ito, N. / Matsuo, S. / Inagaki, K. / Imada, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24560962 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: A new l-arginine oxidase engineered from l-glutamate oxidase.
著者: Yano, Y. / Matsuo, S. / Ito, N. / Tamura, T. / Kusakabe, H. / Inagaki, K. / Imada, K.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-glutamate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2132
ポリマ－76,4271
非ポリマー7861
水1,56787
1
A: L-glutamate oxidase
ヘテロ分子

A: L-glutamate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,4264
ポリマ－152,8552
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area8310 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area43960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.970, 123.970, 168.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1069-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-glutamate oxidase


分子量: 76427.250 Da / 分子数: 1 / 変異: R305E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. X-119-6 (バクテリア)
遺伝子: Lgox / プラスミド: pMal-c2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q8L3C7, L-glutamate oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 0.1M Tris-HCl pH7.0, 75mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→84.3 Å / Num. obs: 22897 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 2970 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.191 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
BSSデータ収集
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E1M

2e1m


解像度: 2.65→66.311 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1148 5.02 %
Rwork0.1908 --
obs0.1934 22853 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→66.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4682 0 53 87 4822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.866711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9983959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006879
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.77060.29661360.21632638X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.91670.28771530.21542645X-RAY DIFFRACTION100
2.9167-3.09940.31991300.21242691X-RAY DIFFRACTION100
3.0994-3.33870.26271420.19842657X-RAY DIFFRACTION100
3.3387-3.67470.20451270.17512705X-RAY DIFFRACTION100
3.6747-4.20630.19221440.16592718X-RAY DIFFRACTION100
4.2063-5.29920.20681430.16492741X-RAY DIFFRACTION100
5.2992-66.3110.2631730.22182910X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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