[日本語] English
万見
- PDB-7e0b: The crystal structure of sorting nexin 27 and PBM complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e0b
タイトルThe crystal structure of sorting nexin 27 and PBM complex
要素
  • PBM
  • Sorting nexin-27
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / sorting nexin 27
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of natural killer cell polarity / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport ...establishment of natural killer cell polarity / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / early endosome membrane / early endosome / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Shang, G.J. / Qi, J.X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: SNX27 suppresses SARS-CoV-2 infection by inhibiting viral lysosome/late endosome entry.
著者: Yang, B. / Jia, Y. / Meng, Y. / Xue, Y. / Liu, K. / Li, Y. / Liu, S. / Li, X. / Cui, K. / Shang, L. / Cheng, T. / Zhang, Z. / Hou, Y. / Yang, X. / Yan, H. / Duan, L. / Tong, Z. / Wu, C. / ...著者: Yang, B. / Jia, Y. / Meng, Y. / Xue, Y. / Liu, K. / Li, Y. / Liu, S. / Li, X. / Cui, K. / Shang, L. / Cheng, T. / Zhang, Z. / Hou, Y. / Yang, X. / Yan, H. / Duan, L. / Tong, Z. / Wu, C. / Liu, Z. / Gao, S. / Zhuo, S. / Huang, W. / Gao, G.F. / Qi, J. / Shang, G.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: PBM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0352
ポリマ－11,0352
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.550, 88.550, 43.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27


分子量: 10224.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX27, KIAA0488, My014 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96L92
#2: タンパク質・ペプチド PBM


分子量: 810.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M sodium sulfate, 20 % w/v PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→22.14 Å / Num. obs: 30746 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 19.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.29→1.32 Å / Num. unique obs: 6895 / CC1/2: 0.519

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z8J

4z8j


解像度: 1.29→20.82 Å / SU ML: 0.1724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.131
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1906 1507 4.9 %
Rwork0.1842 29239 -
obs0.1845 30746 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→20.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数776 0 0 122 898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54351091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.4636126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8978308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.330.4421070.41462126X-RAY DIFFRACTION75.72
1.33-1.380.32911370.32022501X-RAY DIFFRACTION92.59
1.38-1.430.25891320.24872696X-RAY DIFFRACTION96.62
1.43-1.50.24071430.21382684X-RAY DIFFRACTION98.36
1.5-1.580.21271250.19162768X-RAY DIFFRACTION99.55
1.58-1.680.19561240.18732761X-RAY DIFFRACTION99.62
1.68-1.810.19181650.18612697X-RAY DIFFRACTION99.72
1.81-1.990.20091560.18312735X-RAY DIFFRACTION99.86
1.99-2.280.18471460.17352766X-RAY DIFFRACTION99.97
2.28-2.870.17611350.18752749X-RAY DIFFRACTION99.83
2.87-20.820.17491370.16762756X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2903886193 Å / Origin y: -3.58930360279 Å / Origin z: -5.19257281078 Å
111213212223313233
T0.171066136234 Å20.000101336297923 Å2-0.00435805356498 Å2-0.178776652077 Å2-0.00441841102942 Å2--0.172569711975 Å2
L2.01838440938 °2-0.291537557431 °2-0.735634589877 °2-0.686255276825 °2-0.00887944746894 °2--1.0376527113 °2
S-0.0326343227582 Å °0.0199613607667 Å °-0.0770157519413 Å °-0.0394293488995 Å °-0.0160998965195 Å °-0.00751349320768 Å °0.0219250689764 Å °-0.00963199863089 Å °4.55321128807E-9 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る