PDB-7e04: Crystal structure of Bomgl, a monoacylglycerol lipase from marine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 70000

タイトル

Crystal structure of Bomgl, a monoacylglycerol lipase from marine Bacillus sp.

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / Lipase / monoacylglycerol / marine bacterial

機能・相同性

Esterase/lipase / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Lipase

機能・相同性情報

生物種

Cytobacillus oceanisediminis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Wang, Y.H. / Wang, J. / Lan, D.M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bomgl, a monoacylglycerol lipase from marine Bacillus
著者: Wang, Y.H. / Wang, J. / Lan, D.M.

履歴

登録	2021年1月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e04.cif.gz	86.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e04.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e04_validation.pdf.gz	797.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e04_full_validation.pdf.gz	798 KB	表示
XML形式データ	7e04_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	7e04_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/7e04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7e0vC 7eoaC 5xksS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ate-d 5cvd-1 3ilf-d 6zyr-3 2zml-3 3e26-d 5jqq-d 2zmk-4 2y34-d 3vzh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.280, 87.280, 117.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH
2	1	A-744- HOH

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 28356.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytobacillus oceanisediminis (バクテリア) 遺伝子: BBV17_11975 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S1YN08
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→27.75 Å / Num. obs: 72862 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 30.7 % / B_iso Wilson estimate: 9.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 1.25→1.28 Å / R_merge(I) obs: 0.925 / Num. unique obs: 5134 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5xks

5xks

解像度: 1.25→23.14 Å / SU ML: 0.1208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.1443
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	3564	4.9 %
R_work	0.1715	69211	-
obs	0.1719	72775	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→23.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1943	0	6	352	2301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	1989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8342	2698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0778	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1776	272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.27	0.3447	131	0.3268	2604	X-RAY DIFFRACTION	95.4
1.27-1.29	0.3225	116	0.2754	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.29-1.3	0.2468	149	0.2403	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.3-1.32	0.2256	148	0.2084	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.2314	150	0.2012	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.2208	140	0.1968	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.2036	125	0.1895	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.42	0.1974	145	0.1883	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1885	125	0.1717	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.1876	163	0.1737	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.52	0.2161	131	0.1692	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.1749	144	0.1637	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.6	0.1686	138	0.1616	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.6-1.64	0.1721	140	0.1631	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.64-1.7	0.1821	146	0.1672	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.1821	139	0.1719	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.76-1.83	0.1649	118	0.1681	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.91	0.1943	147	0.1654	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2.01	0.147	141	0.1609	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.14	0.1715	152	0.1614	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.3	0.168	132	0.1586	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.53	0.1934	149	0.1661	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.9	0.1678	172	0.1715	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.65	0.1958	159	0.1622	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-23.14	0.1394	164	0.1574	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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