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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dyz | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with 1-(but-3-en-1-yl)-4-methyl-1H-imidazole-2-carboxylic acid | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan, Y.-H. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-guided optimization of 1H-imidazole-2-carboxylic acid derivatives affording potent VIM-Type metallo-beta-lactamase inhibitors. 著者: Yan, Y.H. / Li, W. / Chen, W. / Li, C. / Zhu, K.R. / Deng, J. / Dai, Q.Q. / Yang, L.L. / Wang, Z. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dyz.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dyz.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dyz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dyz_validation.pdf.gz | 774.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dyz_full_validation.pdf.gz | 774.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dyz_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dyz_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dyz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7du1C 7dubC 7dueC 7duxC 7duyC 7duzC 7dv0C 7dv1C 7dyyC 7dz0C 7dz1C 5lcaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24679.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0 | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HQR / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Magnesium Formate, 23-30% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9017→52.63 Å / Num. obs: 19599 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.902→1.935 Å / Rmerge(I) obs: 0.735 / Num. unique obs: 590 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.276 / Rrim(I) all: 0.788 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LCA 解像度: 1.902→52.625 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.7 Å2 / Biso mean: 30.8112 Å2 / Biso min: 16.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.902→52.625 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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