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万見
- PDB-7dyq: Crystal structure of histone lysine demethylase 4D (KDM4D) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dyq
タイトルCrystal structure of histone lysine demethylase 4D (KDM4D) in complex with the inhibitor 5-hydroxy-2-methylpyrazolo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrimidine-3-carbonitrile
要素Lysine-specific demethylase 4D
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / KDM4D / inhibitor (酵素阻害剤) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination ...positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / site of double-strand break / 遺伝子発現の調節 / damaged DNA binding / blood microparticle / クロマチンリモデリング / 炎症 / クロマチン / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-HR0 / Lysine-specific demethylase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Wang, T. / Yang, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of histone lysine demethylase 4D (KDM4D) in complex with the inhibitor 5-hydroxy-2-methylpyrazolo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrimidine-3-carbonitrile
著者: Wang, T. / Yang, L.
履歴
登録2021年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3743
ポリマ－38,0931
非ポリマー2812
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.635, 71.635, 151.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-528-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4D / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3D / Jumonji domain-containing protein 2D / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3D / Jumonji domain-containing protein 2D / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4D / Histone lysine demethylase 4D


分子量: 38093.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D, JHDM3D, JMJD2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6B0I6, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HR0 / 5-hydroxy-2-methylpyrazolo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrimidine-3-carbonitrile


分子量: 225.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H7N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate PH 8.3, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→26.023 Å / Num. obs: 27628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Num. unique obs: 1343

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D6Q

4d6q


解像度: 1.998→26.023 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1848 1343 5.01 %
Rwork0.1609 25470 -
obs0.1622 26813 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.19 Å2 / Biso mean: 27.8461 Å2 / Biso min: 3.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.998→26.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 25 302 2987
Biso mean--33.53 34.35 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3763751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2751612
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9982-2.06950.19011410.1509247597
2.0695-2.15240.2031290.1566249097
2.1524-2.25030.20291190.1604252698
2.2503-2.36880.20671360.1609250198
2.3688-2.51710.18911320.1594249997
2.5171-2.71130.17781310.1603254498
2.7113-2.98380.19421110.1611258198
2.9838-3.41470.19031400.1594259299
3.4147-4.29910.16361590.1484259899
4.2991-26.0230.18391450.1777266494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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