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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dyb | ||||||
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タイトル | Thermotoga maritima ferritin mutant-FLAL-L | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | RECOMBINATION / Thermotoga maritima ferritin / assembly | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, G. / Zhang, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Protein interface redesign facilitates the transformation of nanocage building blocks to 1D and 2D nanomaterials. 著者: Zhang, X. / Liu, Y. / Zheng, B. / Zang, J. / Lv, C. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19300.863 Da / 分子数: 3 / 変異: E112L, E113A, K114L, R137L, N147F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM NaCl, 20% PEG 3000 and 100 mM HEPES/NaOH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.779→56.32 Å / Num. obs: 48748 / % possible obs: 94.64 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.844 Å / Num. unique obs: 3604 / CC1/2: 0.965 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VLG 解像度: 1.779→56.317 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.04 Å2 / Biso mean: 27.8364 Å2 / Biso min: 16.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.779→56.317 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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