+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dya | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of TmFtn with calcium ions | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Thermotoga maritima ferritin / Calcium ions | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, X. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein interface redesign facilitates the transformation of nanocage building blocks to 1D and 2D nanomaterials. 著者: Zhang, X. / Liu, Y. / Zheng, B. / Zang, J. / Lv, C. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 244.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19401.840 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 14% 2-Propanol, 70 mM Sodium acetate/ HCl pH 4.6, 140 mM Calcium chloride, 30% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.197→38.584 Å / Num. obs: 107433 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.97 |
反射 シェル | 解像度: 2.197→2.197 Å / Num. unique obs: 10652 / CC1/2: 0.979 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VLG 解像度: 2.197→38.584 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.79 Å2 / Biso mean: 38.2521 Å2 / Biso min: 19.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.197→38.584 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
|