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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dy5 | |||||||||
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タイトル | Structure of the ternary complex of peptidoglycan recognition protein-short (PGRP-S) with hexanoic acid and tartaric acid at 2.30A resolution | |||||||||
![]() | Peptidoglycan recognition protein 1 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Recognition protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / negative regulation of cytokine production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maurya, A. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the ternary complex of peptidoglycan recognition protein-short (PGRP-S) 著者: Maurya, A. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6j3w S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 19011.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9GK12 |
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-非ポリマー , 6種, 433分子 ![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/6NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/6NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-6NA / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG 3350, 0.2M Sodium potassium tartrate, 20% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50.68 Å / Num. obs: 25883 / % possible obs: 78.01 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 23.44 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1879 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 58 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6J3W ![]() 6j3w 解像度: 2.3→50.68 Å / SU ML: 0.2923 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.0535 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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