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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dxh | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex | |||||||||
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![]() | PLANT PROTEIN / Photosystem II / Cryo-EM / assembly / repair / Psb28 / Tsl0063 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane ...photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | |||||||||
![]() | Sui, S.F. / Shen, J.R. / Han, G.Y. / Xiao, Y.N. / Huang, G.Q. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into cyanobacterial photosystem II intermediates associated with Psb28 and Tsl0063. 著者: Yanan Xiao / Guoqiang Huang / Xin You / Qingjun Zhu / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Guangye Han / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen / ![]() ![]() 要旨: Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. ...Photosystem II (PSII) is a multisubunit pigment-protein complex and catalyses light-induced water oxidation, leading to the conversion of light energy into chemical energy and the release of dioxygen. We analysed the structures of two Psb28-bound PSII intermediates, Psb28-RC47 and Psb28-PSII, purified from a psbV-deletion strain of the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus, using cryo-electron microscopy. Both Psb28-RC47 and Psb28-PSII bind one Psb28, one Tsl0063 and an unknown subunit. Psb28 is located at the cytoplasmic surface of PSII and interacts with D1, D2 and CP47, whereas Tsl0063 is a transmembrane subunit and binds at the side of CP47/PsbH. Substantial structural perturbations are observed at the acceptor side, which result in conformational changes of the quinone (Q) and non-haem iron binding sites and thus may protect PSII from photodamage during assembly. These results provide a solid structural basis for understanding the assembly process of native PSII. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 475.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 390.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem II ... , 14種, 14分子 Aabdhilmtxckzy
#1: タンパク質 | 分子量: 13188.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q8DLJ8 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 39792.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P51765 |
#4: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR1 |
#5: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR8 |
#8: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19052 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12240 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12241 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4015.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12312 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12313 |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR4 |
#14: タンパク質 | 分子量: 49207.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR7 |
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5028.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q9F1K9 |
#16: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR5 |
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR3 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 ef
#6: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12238 |
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#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5067.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12239 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BC
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1652.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5943.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q8DMP8 |
-糖 , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
#24: 糖 | ChemComp-DGD / #26: 糖 | #31: 糖 | ChemComp-HTG / | |
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-非ポリマー , 10種, 61分子 ![](data/chem/img/MGE.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/PQ9.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/PQ9.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-MGE / ( #20: 化合物 | #21: 化合物 | ChemComp-CLA / #22: 化合物 | ChemComp-BCR / #23: 化合物 | #25: 化合物 | #27: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #28: 化合物 | ChemComp-PQ9 / | #29: 化合物 | 分子量: 294.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #30: 化合物 | ChemComp-HEM / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of PSII intermediate Psb28-PSII complex. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11, #13-#18 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194738 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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