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- PDB-7dwr: Structure of Sulfolobus solfataricus SegA-ADP complex bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dwr
タイトルStructure of Sulfolobus solfataricus SegA-ADP complex bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
  • SOJ protein (Soj)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / PARTITION PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性AAA domain / AAA domain / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / SOJ protein (Soj)
機能・相同性情報
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Chromosome segregation in Archaea: SegA- and SegB-DNA complex structures provide insights into segrosome assembly.
著者: Yen, C.Y. / Lin, M.G. / Chen, B.W. / Ng, I.W. / Read, N. / Kabli, A.F. / Wu, C.T. / Shen, Y.Y. / Chen, C.H. / Barilla, D. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOJ protein (Soj)
B: SOJ protein (Soj)
C: SOJ protein (Soj)
D: SOJ protein (Soj)
E: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,58416
ポリマ－126,7788
非ポリマー1,8068
水41423
1
A: SOJ protein (Soj)
C: SOJ protein (Soj)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5526
ポリマ－48,6492
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SOJ protein (Soj)
D: SOJ protein (Soj)
E: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子

E: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,51414
ポリマ－107,61110
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.000, 60.541, 132.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
SOJ protein (Soj)


分子量: 24324.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: soj, SSO0034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q981B3

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量: 7483.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 7256.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 31分子

#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES sodium salt pH 6.5, PEG8000, calcium acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 32772 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 117429
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.40.4515950.8560.2810.5320.88792.4
2.85-2.93.50.42216220.9120.2570.4960.84595.7
2.9-2.963.70.43316600.8870.2580.5060.89997.5
2.96-3.023.80.37417440.9240.220.4360.88998.9
3.02-3.083.90.35617150.9410.2060.4130.89699.5
3.08-3.1540.31116890.9550.1770.3590.93398.7
3.15-3.2340.27916800.9630.1580.3210.95298.3
3.23-3.3240.24517080.9690.1390.2830.99898.4
3.32-3.4240.20116820.9760.1150.2321.04198.5
3.42-3.533.90.17116950.9780.0980.1981.09997.6
3.53-3.653.90.1616870.9770.0920.1851.06497.5
3.65-3.83.70.13216630.9870.0760.1531.04794.9
3.8-3.973.60.11316200.9830.0670.1321.00794.8
3.97-4.183.50.10215410.9850.0610.121.03989.2
4.18-4.443.20.0815410.9940.050.0950.96988.7
4.44-4.783.10.07314650.990.0480.0890.86483.2
4.78-5.263.10.0615170.9960.0390.0730.80687.8
5.26-6.023.10.05716400.990.0390.070.69791.9
6.02-7.563.10.04816410.9940.0330.0590.6392.3
7.56-3030.04316670.9950.0310.0530.54392

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DUT

7dut


解像度: 2.8→27.68 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 1987 6.61 %
Rwork0.2389 28086 -
obs0.2428 30073 86.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.75 Å2 / Biso mean: 58.5863 Å2 / Biso min: 19.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→27.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6844 1968 112 23 8947
Biso mean--44.92 32.81 -
残基数----976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.33611020.2581485158765
2.87-2.950.33811190.25281614173371
2.95-3.030.30971270.25361795192278
3.03-3.130.29641330.26361887202083
3.13-3.240.3371470.26452072221990
3.24-3.370.30891590.25452241240096
3.37-3.530.31721560.23552202235897
3.53-3.710.3031490.24052196234596
3.71-3.940.28511580.23382206236495
3.94-4.250.30071490.22822085223490
4.25-4.670.29171370.21361963210085
4.67-5.350.28061410.22532009215086
5.35-6.720.31181540.25922161231592
6.72-27.680.2631560.22922170232690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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