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- PDB-7dwq: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acar... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7dwq
タイトルPhotosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
要素
  • (Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I protein ...) x 4
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 3
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / reaction center / cryo-EM / cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD ...Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / CHLOROPHYLL D / CHLOROPHYLL D ISOMER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHEOPHYTIN A / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 ...Chem-8CT / CHLOROPHYLL D / CHLOROPHYLL D ISOMER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHEOPHYTIN A / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
Acaryochloris marinan MBIC11017 (バクテリア)
Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, J.H. / Zhang, X. / Shen, J.R.
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: A unique photosystem I reaction center from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina.
著者: Caihuang Xu / Qingjun Zhu / Jing-Hua Chen / Liangliang Shen / Xiaohan Yi / Zihui Huang / Wenda Wang / Min Chen / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Xing Zhang / Guangye Han /
要旨: Photosystem I (PSI) is a large protein supercomplex that catalyzes the light-dependent oxidation of plastocyanin (or cytochrome c ) and the reduction of ferredoxin. This catalytic reaction is ...Photosystem I (PSI) is a large protein supercomplex that catalyzes the light-dependent oxidation of plastocyanin (or cytochrome c ) and the reduction of ferredoxin. This catalytic reaction is realized by a transmembrane electron transfer chain consisting of primary electron donor (a special chlorophyll (Chl) pair) and electron acceptors A , A , and three Fe S clusters, F , F , and F . Here we report the PSI structure from a Chl d-dominated cyanobacterium Acaryochloris marina at 3.3 Å resolution obtained by single-particle cryo-electron microscopy. The A. marina PSI exists as a trimer with three identical monomers. Surprisingly, the structure reveals a unique composition of electron transfer chain in which the primary electron acceptor A is composed of two pheophytin a rather than Chl a found in any other well-known PSI structures. A novel subunit Psa27 is observed in the A. marina PSI structure. In addition, 77 Chls, 13 α-carotenes, two phylloquinones, three Fe-S clusters, two phosphatidyl glycerols, and one monogalactosyl-diglyceride were identified in each PSI monomer. Our results provide a structural basis for deciphering the mechanism of photosynthesis in a PSI complex with Chl d as the dominating pigments and absorbing far-red light.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年6月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30882
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30882
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Photosystem I protein PsaD
A: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I protein PsaF
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I protein PsaL
M: Photosystem I reaction center subunit XII
W: Photosystem I protein Psa27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,977110
ポリマ－245,11610
非ポリマー81,862100
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area53370 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area77890 Å2

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要素

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Photosystem I protein ... , 4種, 4分子 DFLW

#1: タンパク質 Photosystem I protein PsaD


分子量: 15114.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C8F1
#6: タンパク質 Photosystem I protein PsaF


分子量: 17844.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C7S7
#8: タンパク質 Photosystem I protein PsaL


分子量: 15349.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C7S4
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I protein Psa27


分子量: 3648.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017

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Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83470.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C474, photosystem I
#3: タンパク質 Photosystem I P740 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82210.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C475, photosystem I

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#4: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8825.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marinan MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0CB42, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 3分子 EJM

#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 9560.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C5D5
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 5900.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC 11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017 / 参照: UniProt: B0C7S6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII


分子量: 3190.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
株: MBIC 11017

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非ポリマー , 8種, 100分子

#11: 化合物...
ChemComp-CL7 / CHLOROPHYLL D


分子量: 895.462 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#14: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物 ChemComp-G9R / CHLOROPHYLL D ISOMER


分子量: 895.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I from a chlorophyll d-containing cyanobacterium Acaryochloris marina
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acaryochloris marina MBIC11017 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38244 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Calibrated defocus min: 2500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 4 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8画像取得
8PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.12分類
13cryoSPARC2.12３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1523356 / 詳細: raw particles
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240880 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00321076
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.00429918
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.4432927
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432620
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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