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- PDB-7dwo: Crystal structure of Vibrio fischeri DarR in complex with DNA rev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dwo
タイトルCrystal structure of Vibrio fischeri DarR in complex with DNA reveals the transcriptional activation mechanism of LTTR family members
要素Predicted DNA-binding transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcriptional regulators / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted DNA-binding transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Aliivibrio fischeri ES114 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Wang, W.W. / Wu, H. / He, J.H. / Yu, F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971121 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861138047 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1932130 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure details of Vibrio fischeri DarR and mutant DarR-M202I from LTTR family reveals their activation mechanism.
著者: Wang, W. / Wu, H. / Xiao, Q. / Zhou, H. / Li, M. / Xu, Q. / Wang, Q. / Yu, F. / He, J.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
B: Predicted DNA-binding transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4992
ポリマ－65,4992
非ポリマー00
水52229
1
A: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
B: Predicted DNA-binding transcriptional regulator

A: Predicted DNA-binding transcriptional regulator
B: Predicted DNA-binding transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9984
ポリマ－130,9984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area53150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.863, 180.223, 51.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Predicted DNA-binding transcriptional regulator


分子量: 32749.617 Da / 分子数: 2 / 変異: M202I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri ES114 (バクテリア)
株: ES114 / 遺伝子: yjiE, VF_1545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5E4K6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5M sodium chloride, 0.1M MES pH6.0, 20%PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→29.89 Å / Num. obs: 22031 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 55.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 276628 / Scaling rejects: 638
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.61-2.6812.30.4351947615800.9140.1290.4541.799.3
11.67-29.898.60.03624852890.9990.0130.03952.394.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YDW

5ydw


解像度: 2.611→29.56 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 1086 4.96 %
Rwork0.2326 20826 -
obs0.2342 21912 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.92 Å2 / Biso mean: 65.0933 Å2 / Biso min: 25.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.611→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4590 0 0 29 4619
Biso mean---52.8 -
残基数----584
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.611-2.72930.30251250.2639255699
2.7293-2.87310.38411360.27952573100
2.8731-3.05290.2951220.27552578100
3.0529-3.28830.32641470.26962555100
3.2883-3.61870.27461380.24692584100
3.6187-4.14110.2421550.21792606100
4.1411-5.21270.21811280.18992647100
5.2127-29.560.2521350.2345272798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0809-0.61570.38073.0231-2.36862.22290.0715-0.18780.33250.1347-0.06770.3151-0.26210.0111-0.1050.4696-0.0560.07340.5168-0.26260.9426-24.1488.067620.3324
28.9914-1.29912.1545.2418-0.52012.86340.04810.26350.6129-0.0956-0.0660.29760.12110.2489-0.07170.38140.024-0.0380.3064-0.01960.24622.989732.1913-1.2845
33.30831.4052-0.41942.90110.30172.5167-0.2382-0.0479-0.3643-0.3063-0.00590.2199-0.0119-0.03240.19810.44260.00030.02930.34380.04890.30864.785923.363-4.2801
44.940.03970.82324.7747-0.31076.39850.1859-0.176-0.4381-0.1223-0.2953-1.02920.06680.5490.09280.38370.01070.04090.46830.17570.561927.138826.38496.3794
54.23360.0181.37963.7043-0.36793.4385-0.13380.7927-0.0761-1.1010.17130.2552-0.3348-0.30730.12780.586-0.014-0.05890.3440.01530.30393.036126.2421-10.2886
60.3260.601-0.00222.73532.06520.47750.01380.5479-0.0326-0.7157-0.32820.1417-0.4340.12890.22430.63580.0294-0.19560.73180.26910.89622.9961-14.2416-0.1056
71.4872-2.1518-0.0095.0415-0.99412.57490.10440.1183-0.11370.3856-0.2369-0.0445-0.0748-0.02070.15460.4365-0.131-0.05630.433-0.01670.329610.63821.926722.9131
83.4296-0.14151.30212.98480.0395.58490.2265-0.26110.4372-0.20330.10460.9386-0.6743-0.6764-0.33590.51730.17750.13820.5140.02910.6589-4.977241.326512.3274
92.3539-1.01711.24413.3504-2.60794.80880.1742-0.26710.22780.7009-0.2977-0.0236-0.604-0.0230.16270.4874-0.13310.00850.4327-0.05180.33877.685933.291921.1466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 90 )A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 114 )A91 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 174 )A115 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 263 )A175 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 264 through 292 )A264 - 292
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 90 )B1 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 91 through 174 )B91 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 175 through 223 )B175 - 223
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 224 through 292 )B224 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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