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- PDB-7dwc: Bacteroides thetaiotaomicron VPI5482 BTAxe1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dwc
タイトルBacteroides thetaiotaomicron VPI5482 BTAxe1
要素Xylanase
キーワードHYDROLASE / Bacteroides thetaiotaomicron VPI5482 / acetyl xylan esterase / gut bacteria-derived
機能・相同性hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / xylan catabolic process / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Xylanase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Wang, L.Y. / Wang, Y.L. / Xin, F.J. / Sun, L.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31801475 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700701 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Rational Design for Broadened Substrate Specificity and Enhanced Activity of a Novel Acetyl Xylan Esterase from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Wang, L. / Han, X. / Wang, Y. / Wei, X. / Liu, S. / Shao, S. / Yang, S. / Sun, L. / Xin, F.
履歴
登録2021年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xylanase
B: Xylanase
C: Xylanase
D: Xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,8874
ポリマ－117,8874
非ポリマー00
水10,305572
1
A: Xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4721
ポリマ－29,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4721
ポリマ－29,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4721
ポリマ－29,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4721
ポリマ－29,4721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.796, 82.580, 81.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...
21(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...
31(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...
41(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...AA13
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...AA2 - 34 - 5
13SERSERLEULEU(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...AA-1 - 2621 - 264
14SERSERLEULEU(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...AA-1 - 2621 - 264
15SERSERLEULEU(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...AA-1 - 2621 - 264
16SERSERLEULEU(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 3...AA-1 - 2621 - 264
21METMETMETMET(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...BB13
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...BB2 - 34 - 5
23SERSERLEULEU(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...BB-1 - 2621 - 264
24SERSERLEULEU(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...BB-1 - 2621 - 264
25SERSERLEULEU(chain B and (resid 1 or (resid 2 through 3...BB-1 - 2621 - 264
31METMETLYSLYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC1 - 23 - 4
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC35
33SERSERLEULEU(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-1 - 2621 - 264
34SERSERLEULEU(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-1 - 2621 - 264
35SERSERLEULEU(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...CC-1 - 2621 - 264
41METMETALAALA(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...DD1 - 263 - 28
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...DD2729
43HISHISLEULEU(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...DD0 - 2622 - 264
44HISHISLEULEU(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...DD0 - 2622 - 264
45HISHISLEULEU(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...DD0 - 2622 - 264
46HISHISLEULEU(chain D and (resid 1 through 26 or (resid 27...DD0 - 2622 - 264

-
要素

#1: タンパク質
Xylanase


分子量: 29471.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
遺伝子: BT_1008 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A909
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.82 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 83576 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.935.70.57435790.8840.2550.630.68699.6
1.93-1.975.90.45235130.940.20.4950.54899.8
1.97-2.015.90.435380.9440.1770.4390.561100
2.01-2.055.90.3636010.9640.160.3950.591100
2.05-2.095.90.35635310.9590.1590.3910.76899.9
2.09-2.145.70.27935690.9710.1280.3080.648100
2.14-2.1960.24435710.9860.1080.2680.68100
2.19-2.256.60.24935830.9840.1050.2710.878100
2.25-2.326.60.19235460.9910.080.2080.803100
2.32-2.396.60.18835860.9890.0790.2040.843100
2.39-2.486.60.17335660.9870.0730.1880.864100
2.48-2.586.50.15635630.9910.0660.1690.973100
2.58-2.76.20.14535950.9870.0640.1581.135100
2.7-2.846.10.11935620.9940.0530.1311.149100
2.84-3.026.80.10935860.9930.0450.1191.227100
3.02-3.256.80.09635890.9950.040.1051.409100
3.25-3.586.60.08536020.9960.0360.0931.32799.9
3.58-4.0960.07736150.9960.0340.0841.218100
4.09-5.166.70.06735950.9980.0280.0731.054100
5.16-5060.06236670.9970.0280.0681.04399.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6a6o

6a6o


解像度: 1.804→28.067 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 3976 4.76 %
Rwork0.1745 79600 -
obs0.1761 83576 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.18 Å2 / Biso mean: 38.7626 Å2 / Biso min: 16.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.804→28.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8173 0 0 572 8745
Biso mean---42.96 -
残基数----1055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89111380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4594942
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4868X-RAY DIFFRACTION8.864TORSIONAL
12B4868X-RAY DIFFRACTION8.864TORSIONAL
13C4868X-RAY DIFFRACTION8.864TORSIONAL
14D4868X-RAY DIFFRACTION8.864TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.804-1.82560.32861250.3018224880
1.8256-1.84870.33621520.3011283598
1.8487-1.8730.28321290.2905281699
1.873-1.89870.32221310.2727289699
1.8987-1.92580.3071090.2643282399
1.9258-1.95450.27181480.24612855100
1.9545-1.9850.30891350.23352882100
1.985-2.01760.24141380.22912846100
2.0176-2.05240.26241450.22462871100
2.0524-2.08970.28311410.21542860100
2.0897-2.12990.24711600.1992856100
2.1299-2.17330.24391530.19512847100
2.1733-2.22050.21961580.1886280399
2.2205-2.27220.21191430.17872854100
2.2722-2.3290.22171580.1724285799
2.329-2.39190.2291510.1742845100
2.3919-2.46230.20561270.1842894100
2.4623-2.54170.21961360.17922850100
2.5417-2.63250.24151600.1862877100
2.6325-2.73780.2281470.18452857100
2.7378-2.86230.2031340.1842877100
2.8623-3.0130.20821490.17942865100
3.013-3.20150.2381150.17192917100
3.2015-3.44830.18061320.15562890100
3.4483-3.79460.15551610.14722861100
3.7946-4.34190.14431630.12982899100
4.3419-5.46370.18341320.1307289899
5.4637-28.0670.18871440.1627292199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4457-1.2504-0.92762.5017-0.11511.2017-0.1581-0.463-0.25070.14730.1938-0.44120.09860.20790.03190.38780.0109-0.15780.62410.05080.47385.767510.890737.6821
22.05660.05720.96811.8667-0.90282.34860.0894-0.2671-0.24220.2661-0.0324-0.22530.10220.0086-0.08680.2733-0.0099-0.06090.35390.02350.2582-3.517114.860532.7938
33.8438-1.6317-0.72253.39970.05843.3508-0.0545-0.15520.05410.28390.014-0.6564-0.37030.8120.08350.2504-0.0966-0.0620.58340.01890.31835.876523.77328.5381
42.14760.31390.361.9144-0.50272.5686-0.0202-0.0470.0760.0865-0.0096-0.2296-0.20460.2357-0.00530.2043-0.00030.01690.2397-0.01350.2246-5.933923.98824.1743
51.9703-0.49050.09392.40670.50192.08270.03270.20740.2430.0019-0.0153-0.1589-0.40470.09290.00770.2572-0.02310.01980.28290.01640.2369-9.180927.114621.9675
62.20890.20710.50291.8580.6492.8510.005-0.01840.12450.0362-0.011-0.0341-0.2838-0.17610.00690.23120.0149-0.00570.26250.00950.1987-15.273724.68521.1523
75.85821.0872-0.86313.59560.00196.715-0.00630.4429-0.5527-0.46780.1446-0.36970.84340.3376-0.08420.3490.0807-0.04750.2915-0.05170.3278-7.99588.585815.2253
82.4882-1.2272-0.57452.0721-0.62062.16040.0613-0.4523-0.24440.3311-0.1027-0.18150.1607-0.11250.15930.26720.0005-0.06990.59390.06820.338218.38789.97640.7755
92.2060.6429-0.13682.96580.28823.48640.2926-0.7823-0.18430.5305-0.29210.03710.3082-0.3966-0.01940.3288-0.0673-0.03780.74920.07170.292411.037312.65272.7121
103.5718-0.3141-0.84541.51050.72023.75020.1523-0.2269-0.3717-0.01870.0597-0.0790.57970.1173-0.04590.27580.016-0.03810.44080.01930.301316.828610.0383-12.2364
111.35770.10940.32721.9509-0.08191.2805-0.0378-0.51130.03450.24980.0084-0.01660.0691-0.31560.02460.2093-0.0012-0.01630.4881-0.00940.23627.172416.6962-5.6097
123.5742-1.3358-0.55282.52240.46421.8245-0.0296-0.02950.011-0.07-0.0141-0.207-0.07650.3840.04470.1793-0.0211-0.01620.4530.00010.226919.988522.3031-9.1769
132.9421-0.154-0.63241.2054-0.42121.7538-0.0527-0.2603-0.04330.0217-0.0770.062-0.15610.29040.08750.20190.0024-0.02430.3802-0.01450.22788.404423.3037-13.8393
142.34020.1339-0.2731.8906-0.01851.4078-0.02370.04860.2077-0.0573-0.1265-0.0941-0.2844-0.18640.12920.25210.0184-0.03480.3933-0.01060.24345.282226.6492-16.2859
153.30070.11250.41231.26481.23423.3576-0.324-0.71920.9064-0.0913-0.14090.3384-0.8671-0.54990.2070.44430.1539-0.10480.626-0.18250.4655-0.807237.3233-8.0562
162.35510.39951.17761.56060.5081.775-0.073-0.1046-0.065-0.07220.05210.0723-0.0861-0.1650.05350.15810.02440.00320.3308-0.01670.1684-0.594220.2171-20.5614
176.14880.3856-0.33462.86990.3776.62460.17390.1081-0.4559-0.25450.0618-0.26170.70160.4031-0.17590.28750.07-0.00960.3435-0.01660.28024.97277.6248-21.7865
181.34390.2834-1.55644.4844-0.45161.82050.31450.5361-0.5692-0.31510.08110.00920.78790.096-0.290.60730.0836-0.21720.532-0.17580.5684-31.4501-3.7562-14.1878
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201.59831.0999-0.72013.1429-0.75112.65340.40680.0344-0.77850.49180.0216-0.1610.94860.3308-0.26620.5166-0.0264-0.2080.2969-0.00150.4454-30.8524-1.7914-0.9345
211.78230.08761.06842.39660.65931.91490.18370.3356-0.271-0.07640.0202-0.18130.12650.4907-0.22950.23130.0163-0.02060.425-0.07470.2455-25.16728.3441-9.249
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232.173-0.20060.13621.81230.21292.178-0.0651-0.0564-0.09980.01130.01640.0475-0.23220.00350.03530.17760.0022-0.02040.3314-0.00090.1652-29.41317.8593-1.1496
243.44920.58260.11272.88630.46584.1373-0.2850.30170.3581-0.26590.04390.1279-0.93520.17150.11630.5306-0.057-0.05460.39950.07220.2469-28.3330.2659-10.2825
251.91750.00041.22181.49180.12952.319-0.08320.00670.0406-0.03610.0747-0.0031-0.3432-0.0147-0.02830.244-0.00890.0060.32880.00110.1772-24.026220.17066.3128
263.25940.80930.34272.27640.56353.16060.21130.1898-0.27840.13130.1711-0.26510.3730.5938-0.30250.28770.0529-0.06970.438-0.08080.3246-15.69576.99234.0227
272.8259-0.1315-0.66574.6329-0.43142.66950.04380.6143-0.4915-0.78740.00580.52170.9833-0.3861-0.11290.6694-0.1291-0.10170.4643-0.12060.4836-48.0653-2.487624.4126
281.8621-0.20940.62142.13371.10452.6005-0.01750.0206-0.256-0.32110.17360.12180.404-0.1173-0.17150.3733-0.0751-0.05390.42090.00740.2896-41.23025.048429.2318
293.28391.8852-1.75943.9553-1.24642.9256-0.25650.009-0.2343-0.0403-0.06060.1850.0059-0.61930.33420.3953-0.037-0.08660.628-0.010.3925-53.75959.236532.3736
301.81690.17630.51161.94980.37612.3565-0.0978-0.06930.1539-0.2020.0760.1168-0.1868-0.16120.07430.2185-0.0047-0.02120.35660.01290.1729-38.201619.833338.0423
314.46840.7186-1.53393.2344-0.01864.9564-0.2433-0.6385-0.39430.05990.27230.02771.05-0.236-0.05720.3837-0.0165-0.04750.39410.06170.2444-35.23664.383247.6059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 24 )A-1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 97 )A25 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 98 through 119 )A98 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 138 )A120 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 164 )A139 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 165 through 247 )A165 - 247
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 248 through 262 )A248 - 262
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -1 through 24 )B-1 - 24
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 25 through 43 )B25 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 44 through 56 )B44 - 56
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 57 through 97 )B57 - 97
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 98 through 119 )B98 - 119
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 120 through 138 )B120 - 138
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 139 through 164 )B139 - 164
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 165 through 184 )B165 - 184
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 185 through 247 )B185 - 247
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 248 through 262 )B248 - 262
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid -1 through 24 )C-1 - 24
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 25 through 43 )C25 - 43
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 44 through 56 )C44 - 56
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 57 through 97 )C57 - 97
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 98 through 119 )C98 - 119
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 120 through 164 )C120 - 164
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 165 through 184 )C165 - 184
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 185 through 232 )C185 - 232
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 233 through 262 )C233 - 262
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 1 through 24 )D1 - 24
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 25 through 97 )D25 - 97
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 98 through 119 )D98 - 119
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 120 through 247 )D120 - 247
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 248 through 262 )D248 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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