+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dw1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a glutathione S-transferase SbGSTU6 from Salix babylonica in complex with glutathione | ||||||
要素 | Glutathione S-transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to chemical / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salix babylonica (イトヤナギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Zhuge, X.L. / Yang, H.L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a glutathione S-transferase SbGSTU6 from Salix babylonica in complex with glutathione 著者: Zhuge, X.L. / Yang, H.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dw1.cif.gz | 103.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7dw1.ent.gz | 76.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dw1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dw1_validation.pdf.gz | 962.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7dw1_full_validation.pdf.gz | 981 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dw1_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dw1_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/7dw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/7dw1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26354.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salix babylonica (イトヤナギ) / 遺伝子: GSTU6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y5R032 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: L-Proline, magnesium, HEFHS, sodium cacodylate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→30.9 Å / Num. obs: 17442 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 6.56 % / Biso Wilson estimate: 28.77 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 1.46 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.59 Å / CC1/2: 1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KEJ 解像度: 2.27→30.9 Å / SU ML: 0.3201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.7374 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→30.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|