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- PDB-7dvi: Crystal Structure of AbnU: An exo-specific intermolecular Diels-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvi
タイトルCrystal Structure of AbnU: An exo-specific intermolecular Diels-Alderase
要素AOC_like domain-containing protein
キーワードISOMERASE / Diels ALderase
機能・相同性Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / Allene oxide cyclase barrel-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Frankia sp. Cc1.17 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kashyap, R. / Addlagatta, A.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)33/2018/MD-FTT&FTC-ANB インド
Science and Engineering Research Board (SERB)EMR/2015/000461 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/006013 インド
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2021
タイトル: Exo-selective intermolecular Diels-Alder reaction by PyrI4 and AbnU on non-natural substrates.
著者: Kashyap, R. / Yerra, N.V. / Oja, J. / Bala, S. / Potuganti, R. / Thota, J.R. / Alla, M. / Pal, D. / Addlagatta, A.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AOC_like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,45323
ポリマ－17,0721
非ポリマー1,38222
水1,24369
1
A: AOC_like domain-containing protein
ヘテロ分子

A: AOC_like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,90746
ポリマ－34,1442
非ポリマー2,76344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)104.437, 104.437, 67.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-369-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AOC_like domain-containing protein


分子量: 17071.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Frankia sp. Cc1.17 (バクテリア) / 遺伝子: CC117_14200 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S1R073
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1 M Imidazole, pH 7.0, 20% Ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.26 Å / Num. obs: 15158 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 36.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 40.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0534.30.6293743010920.9760.1080.6387.698.8
8.96-45.22260.03557762220.9990.0070.03590.499.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DYV

5dyv


解像度: 2→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.591 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 724 4.8 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1932 14411 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.81 Å2 / Biso mean: 36.25 Å2 / Biso min: 22.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 92 69 1236
Biso mean--56.88 46.13 -
残基数----134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7641.6771590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3261.5762604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9815141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.63321.06775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04515181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1381512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02270
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 63 -
Rwork0.255 1028 -
all-1091 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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