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- PDB-7dvg: Crystal structure of rice immune receptor RGA5-HMA5 mutant. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvg
タイトルCrystal structure of rice immune receptor RGA5-HMA5 mutant.
要素Disease resistance protein RGA5
キーワードPLANT PROTEIN / Immune receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / : ...Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Disease resistance protein RGA5
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, X. / Liu, J.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32030089 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of rice immune receptor RGA5-HMA5.
著者: Zhang, X. / Liu, J.F.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disease resistance protein RGA5
B: Disease resistance protein RGA5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8132
ポリマ－15,8132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.995, 65.995, 132.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw

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要素

#1: タンパク質 Disease resistance protein RGA5 / Os11gRGA5 / SasRGA5


分子量: 7906.425 Da / 分子数: 2 / 変異: G1009D, M1016V, S1027V, V1039E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: RGA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7J0N2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.96 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→33.1 Å / Num. obs: 13666 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 81.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 736 / CC1/2: 0.86

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZNE

5zne


解像度: 2.8→33.04 Å / SU ML: 0.2973 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.39 / 位相誤差: 30.1598 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 654 4.79 %
Rwork0.1997 13010 -
obs0.2013 13664 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1098 0 0 0 1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04681484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0568192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9927700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.020.38921520.32262587X-RAY DIFFRACTION99.35
3.02-3.320.35731390.28432576X-RAY DIFFRACTION99.63
3.32-3.80.34021190.22262611X-RAY DIFFRACTION99.53
3.8-4.790.16251270.1622604X-RAY DIFFRACTION99.74
4.79-33.040.20081170.18062632X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.17717299849-1.949978657180.2376452219448.384454102513.431663895339.00905175841-0.2672606966960.165562564134-0.3665746307530.3863539812060.205606859385-0.4022428672410.750630574822-0.3068600179530.09430034031380.617378432372-0.07369180036570.04049047589210.7100501195020.09220282902230.538816680517-16.061207022-5.9557635238310.5721203371
29.26733641518-4.23784659129-2.602326260014.25512330587-1.81786618234.85205668795-0.4567004839410.1582283125350.360636634034-0.1008481526190.2667855594880.63999032356-0.600124409745-0.397567505220.1523849655130.657787077801-0.04388941539450.01026694396370.6527896978210.02252110606350.567042502217-20.1915171469-0.72429940982110.8356566539
38.60933834388-4.491117066260.008223971734975.87217381238-3.195779656462.88661218272-0.930570799886-0.6064070605541.545944156250.749263046359-0.109772261668-2.29791933454-0.3702374551170.5872330768230.6435229536830.708884683003-0.0556249414733-0.2310050681340.7118179669870.05984209674990.740619387189-8.42803074024-0.5469312417147.05736886738
42.146880560640.665494869382-1.82801528730.717536288011-0.7700439965253.70920877415-0.03185202548520.1502880054080.1450559941551.050459364850.0349832591364-0.0697060063607-0.521520517742-0.200656269465-0.05877116166380.910525250005-0.040048862311-0.1122035801730.6912782274-0.003463481477060.621694732884-19.36412169412.108832408412.90293686175
55.178586852462.3810573851-2.904100156473.9020571076-4.487644139477.87757304636-0.07754391921370.0801005753389-0.84011094758-0.592152811875-0.658088962176-0.5400778105950.3548558339410.7115462491230.7294937647980.8385896193340.1175436306680.08770615699480.7825683952050.03468174149820.632307149012-25.7711704356-16.410825714926.9780407772
63.423698031030.968897359262-1.33883546226.8656329653.025752162099.48912432166-0.005824149091721.288787542440.58814415614-0.530501337255-0.2129054119810.0238118997897-0.798678314511.05320062060.2916193447930.671930424332-0.005452033281680.07914702665010.7671744630210.09867311847120.697742649864-24.5031047213-9.6830569826527.0963680281
73.811678303223.81140025494-2.174661967413.88780467576-2.994149473778.14090081087-0.5091476893740.770605190665-0.874769411271-0.2253838769880.197072690807-1.707707537681.621679366431.762354067370.6328922421720.8967858790320.250999143480.1230735004351.111478019880.1952497190071.00965395172-16.2808576976-18.204798230423.3898121541
87.856800260480.2118945222190.3283692248770.109188864350.1298506985162.56060903494-0.2085736981820.605665188595-0.3842874632150.448738218885-0.14562154962-0.0087459758331-0.2752288739880.6754298937710.4140467682140.904563234604-0.03674193108310.02904127407630.9317628533690.06315669970160.523361212805-22.039632128-8.4205767572319.3184571548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 997 through 1021 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1022 through 1046 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1047 through 1058 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1059 through 1069 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 997 through 1021 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1022 through 1046 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1047 through 1058 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1059 through 1069 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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