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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dve | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FAD-dependent C-glycoside oxidase | ||||||
![]() | 6'''-hydroxyparomomycin C oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FAD-dependent C-glycoside oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Senda, M. / Watanabe, S. / Kumano, T. / Kobayashi, M. / Senda, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FAD-dependent C -glycoside-metabolizing enzymes in microorganisms: Screening, characterization, and crystal structure analysis. 著者: Kumano, T. / Hori, S. / Watanabe, S. / Terashita, Y. / Yu, H.Y. / Hashimoto, Y. / Senda, T. / Senda, M. / Kobayashi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 367.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3pl8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56332.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: livQ_3, RS82_01892 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0M2HFA3, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる #2: 化合物 | ChemComp-FAD / | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 30%(w/v) PEG4000, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 0.2 M Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.19 Å / Num. obs: 90727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 56.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique obs: 13294 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PL8 解像度: 2.4→48.19 Å / SU ML: 0.3408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 28.2831 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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