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- PDB-7dvd: The crystal structure of p53 DNA binding domain and PUMA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dvd
タイトルThe crystal structure of p53 DNA binding domain and PUMA complex
要素
  • Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
  • Cellular tumor antigen p53
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / p53 PUMA BH3 peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / fibroblast apoptotic process / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / execution phase of apoptosis / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / PI5P Regulates TP53 Acetylation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TFIID-class transcription factor complex binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / glial cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / mitophagy / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Acetylation
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Han, C.W. / Lee, H.N. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1D1A1B07043701 韓国
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the p53 DNA binding domain and PUMA complex.
著者: Han, C.W. / Lee, H.N. / Jeong, M.S. / Park, S.Y. / Jang, S.B.
#1: ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun. / 年: 2012
タイトル: In vitro binding properties of tumor suppressor p53 with PUMA and NOXA
著者: Park, S.Y. / Jang, S.B.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: Cellular tumor antigen p53
D: Cellular tumor antigen p53
E: Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8549
ポリマ－94,5925
非ポリマー2624
水1,60389
1
A: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2952
ポリマ－23,2291
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
2
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2952
ポリマ－23,2291
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
3
C: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2952
ポリマ－23,2291
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
4
D: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2952
ポリマ－23,2291
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
5
E: Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6751
ポリマ－1,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.612, 73.411, 84.408
Angle α, β, γ (deg.)89.939, 89.823, 89.996
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 23229.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Zn / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04637
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 1674.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 7.0) 20% (w/w) PEG-200 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 62203 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.24 Å2 / CC1/2: 0.915 / Net I/σ(I): 13.506
反射 シェル解像度: 2.5904→2.635 Å / Rmerge(I) obs: 0.323 / Num. unique obs: 2327

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.14_3260データ収集
PHENIX1.11.1_2575data processing
Cootデータスケーリング
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXR

2wxr


解像度: 2.59→26.28 Å / SU ML: 0.3853 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 34.8173 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3177 2756 5.43 %
Rwork0.2699 48027 -
obs0.2726 50783 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→26.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6319 0 4 89 6412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00936464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14298771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00741161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.94783961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.630.35571140.25692213X-RAY DIFFRACTION88.21
2.63-2.680.36111230.28882356X-RAY DIFFRACTION98.96
2.68-2.730.36111080.28052486X-RAY DIFFRACTION99.43
2.73-2.790.38971720.29892386X-RAY DIFFRACTION99.77
2.79-2.850.35871200.28722406X-RAY DIFFRACTION99.8
2.85-2.920.36291020.27922429X-RAY DIFFRACTION99.84
2.92-2.990.36511310.28152451X-RAY DIFFRACTION99.85
2.99-3.070.31231570.2692370X-RAY DIFFRACTION99.92
3.07-3.160.28971320.27532444X-RAY DIFFRACTION99.88
3.16-3.260.36081040.26452471X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.380.41121270.28642428X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.510.2778990.25822466X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.670.26221160.23912419X-RAY DIFFRACTION99.84
3.67-3.870.3071510.272435X-RAY DIFFRACTION99.92
3.87-4.110.33591470.27512381X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.420.29121590.26732378X-RAY DIFFRACTION99.84
4.42-4.870.28911690.26172422X-RAY DIFFRACTION99.77
4.87-5.560.27271600.25162387X-RAY DIFFRACTION99.61
5.56-6.990.36231880.29462355X-RAY DIFFRACTION99.84
6.99-26.280.29371770.27042344X-RAY DIFFRACTION98.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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