[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7dv0: Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with 1-(4-(trifluoromet... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dv0 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with 1-(4-(trifluoromethyl)benzyl)-1H-imidazole-2-carboxylic acid | ||||||||||||
Components | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.601 Å | ||||||||||||
Authors | Li, G.-B. / Yan, Y.-H. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2022 Title: Structure-guided optimization of 1H-imidazole-2-carboxylic acid derivatives affording potent VIM-Type metallo-beta-lactamase inhibitors. Authors: Yan, Y.H. / Li, W. / Chen, W. / Li, C. / Zhu, K.R. / Deng, J. / Dai, Q.Q. / Yang, L.L. / Wang, Z. / Li, G.B. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dv0.cif.gz | 66.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7dv0.ent.gz | 45 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dv0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7dv0_validation.pdf.gz | 790.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7dv0_full_validation.pdf.gz | 791.4 KB | Display | |
Data in XML | 7dv0_validation.xml.gz | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7dv0_validation.cif.gz | 19 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dv0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7du1C 7dubC 7dueC 7duxC 7duyC 7duzC 7dv1C 7dyyC 7dyzC 7dz0C 7dz1C 5lcaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 24679.439 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Pseudomonas aeruginosa / Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: blaVIM-2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9K2N0 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-HML / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.19 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M Magnesium Formate, 23-30% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 195 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 36055 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 12.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 478739 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5LCA Resolution: 1.601→28.955 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.32 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.76 Å2 / Biso mean: 17.9912 Å2 / Biso min: 4.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.601→28.955 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|