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- PDB-7duu: Crystal structure of HLA molecule with an KIR receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7duu
タイトルCrystal structure of HLA molecule with an KIR receptor
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS2
  • LEU-ASN-PRO-SER-VAL-ALA-ALA-THR-LEU
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA
機能・相同性
機能・相同性情報


stimulatory killer cell immunoglobulin-like receptor signaling pathway / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway ...stimulatory killer cell immunoglobulin-like receptor signaling pathway / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepacivirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Yang, Y. / Yin, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Immunology / 年: 2022
タイトル: Activating receptor KIR2DS2 bound to HLA-C1 reveals the novel recognition features of activating receptor.
著者: Yang, Y. / Bai, H. / Wu, Y. / Chen, P. / Zhou, J. / Lei, J. / Ye, X. / Brown, A.J. / Zhou, X. / Shu, T. / Chen, Y. / Wei, P. / Yin, L.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: LEU-ASN-PRO-SER-VAL-ALA-ALA-THR-LEU
D: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5834
ポリマ－66,5834
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.056, 153.962, 177.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-352-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / HLA


分子量: 31769.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: F6IQA6
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド LEU-ASN-PRO-SER-VAL-ALA-ALA-THR-LEU


分子量: 885.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DS2 / CD158 antigen-like family member J / MHC class I NK cell receptor / NK receptor 183 ActI / Natural ...CD158 antigen-like family member J / MHC class I NK cell receptor / NK receptor 183 ActI / Natural killer-associated transcript 5 / NKAT-5 / p58 natural killer cell receptor clone CL-49 / p58 NK receptor CL-49


分子量: 22048.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DS2, CD158J, NKAT5 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P43631
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 87 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→44.39 Å / Num. obs: 38710 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 46.98 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.83
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Num. unique obs: 3797 / CC1/2: 0.867

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M4K ,4NT6

1m4k

4nt6


解像度: 2.51→44.39 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 1997 5.16 %
Rwork0.2003 36709 -
obs0.2027 38706 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.84 Å2 / Biso mean: 56.0402 Å2 / Biso min: 22.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→44.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 0 127 4791
Biso mean---51.36 -
残基数----578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.51-2.570.29731380.25622526266497
2.57-2.640.25671400.2322582272299
2.64-2.720.26291400.22062578271899
2.72-2.80.25041380.23072558269699
2.8-2.90.27661430.236226132756100
2.9-3.020.2931420.225726162758100
3.02-3.160.31291430.226326252768100
3.16-3.320.30261410.220726062747100
3.32-3.530.2581440.211326482792100
3.53-3.810.23351430.192326252768100
3.81-4.190.23211440.180226432787100
4.19-4.790.20831460.161626722818100
4.79-6.040.23331450.189226862831100
6.04-44.390.21661500.19932731288197
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.309 Å / Origin y: -53.6489 Å / Origin z: -20.0788 Å
111213212223313233
T0.3279 Å2-0.0156 Å20.0156 Å2-0.2251 Å20.0532 Å2--0.2939 Å2
L1.5188 °2-0.1826 °20.42 °2-0.6894 °2-0.1174 °2--1.7456 °2
S-0.0121 Å °-0.1223 Å °0.0226 Å °-0.1643 Å °0.0294 Å °-0.0237 Å °-0.114 Å °-0.0038 Å °-0.0169 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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