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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dtn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-1 mutant (D120E) in complex with citrate. | |||||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase type 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / zinc(II) ion / citrate | |||||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yamaguchi, Y. / Kurosaki, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Metallo-beta-Lactamase (IMP-1) and Its D120E Mutant in Complexes with Citrate and the Inhibitory Effect of the Benzyl Group in Citrate Monobenzyl Ester. 著者: Yamaguchi, Y. / Kato, K. / Ichimaru, Y. / Jin, W. / Sakai, M. / Abe, M. / Wachino, J.I. / Arakawa, Y. / Miyagi, Y. / Imai, M. / Fukuishi, N. / Yamagata, Y. / Otsuka, M. / Fujita, M. / Kurosaki, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 7.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 7.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25208.699 Da / 分子数: 4 / 変異: D81E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-FLC / #4: 化合物 | ChemComp-AE3 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M citric acid-sodium citrate buffer, 0.2M sodium acetate, PEG4000 30 w/v% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 89488 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 4327 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1dd6 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.287 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.04 Å2 / Biso mean: 19.461 Å2 / Biso min: 8.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.896 Å / Rfactor Rfree error: 0
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