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- PDB-7dta: Solution structure of the C-clamp domain from human HDBP1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dta
タイトルSolution structure of the C-clamp domain from human HDBP1 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')
  • SLC2A4 regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / C-clamp / zinc finger / unmethylated CpG binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / c-clamp / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / SLC2A4 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Duan, B. / Xia, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570734 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Selective Nonmethylated CpG DNA Recognition Mechanism of Cysteine Clamp Domains.
著者: Duan, B. / Fu, D. / Zhang, C. / Ding, P. / Dong, X. / Xia, B.
履歴
登録2021年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SLC2A4 regulator
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8074
ポリマ－10,7413
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5850 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SLC2A4 regulator / GLUT4 enhancer factor / GEF / Huntington disease gene regulatory region-binding protein 1 / HDBP-1


分子量: 4032.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC2A4RG, HDBP1 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR83
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3334.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic23D CBCA(CO)NH
191isotropic23D CCH-COSY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-13C NOESY
1101isotropic12D 1H-13C NOESY aromatic
1111isotropic12D F1, F2-15N/13C-filtered 1H-1H NOESY
1121isotropic13D F1-15N/13C filtered, F2-15N edited NOESY
1131isotropic13D F1-15N/13C filtered, F2-13C edited NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] C-clamp, 0.5 mM HD5-DNA, 95% H2O/5% D2O
詳細: Equimolar amounts of C-clamp and HD5-DNA in 10 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl, pH 7
Label: 15N,13C / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMC-clamp[U-13C; U-15N]1
0.5 mMHD5-DNAnatural abundance1
試料状態詳細: 10 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl, pH = 7 / イオン強度: 10 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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