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万見
- PDB-7dt2: Strategic design of catalytic lysine-targeting reversible covalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dt2
タイトルStrategic design of catalytic lysine-targeting reversible covalent BCR-ABL Inhibitors
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / Tyrosine kinase Covalent inhibitor chronic myelogenous leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process ...: / positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / cerebellum morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / mitochondrial depolarization / regulation of cell motility / positive regulation of establishment of T cell polarity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mitogen-activated protein kinase binding / syntaxin binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of dendrite development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of cell-cell adhesion / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of osteoblast proliferation / Myogenesis / positive regulation of vasoconstriction / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Bergmann glial cell differentiation / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / regulation of endocytosis / regulation of microtubule polymerization / myoblast proliferation / associative learning / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of cellular senescence / actin monomer binding / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / canonical NF-kappaB signal transduction / cardiac muscle cell proliferation / BMP signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell migration / endothelial cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / mismatch repair / regulation of cell adhesion / four-way junction DNA binding / spleen development / ephrin receptor binding / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / ERK1 and ERK2 cascade / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / positive regulation of mitotic cell cycle / protein kinase C binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / peptidyl-tyrosine phosphorylation / thymus development / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / integrin-mediated signaling pathway / post-embryonic development
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HJ9 / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Anantharajan, J. / Baburajendran, N.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Medical Research Council シンガポール
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Strategic Design of Catalytic Lysine-Targeting Reversible Covalent BCR-ABL Inhibitors*.
著者: Quach, D. / Tang, G. / Anantharajan, J. / Baburajendran, N. / Poulsen, A. / Wee, J.L.K. / Retna, P. / Li, R. / Liu, B. / Tee, D.H.Y. / Kwek, P.Z. / Joy, J.K. / Yang, W.Q. / Zhang, C.J. / Foo, ...著者: Quach, D. / Tang, G. / Anantharajan, J. / Baburajendran, N. / Poulsen, A. / Wee, J.L.K. / Retna, P. / Li, R. / Liu, B. / Tee, D.H.Y. / Kwek, P.Z. / Joy, J.K. / Yang, W.Q. / Zhang, C.J. / Foo, K. / Keller, T.H. / Yao, S.Q.
履歴
登録2021年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6784
ポリマ－71,7902
非ポリマー8882
水2,954164
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3392
ポリマ－35,8951
非ポリマー4441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3392
ポリマ－35,8951
非ポリマー4441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.692, 132.302, 56.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...
21(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPMETMET(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...AA233 - 23733 - 37
12GLUGLUARGARG(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...AA238 - 23938 - 39
13ASPASPSERSER(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...AA233 - 50033 - 300
14ASPASPSERSER(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...AA233 - 50033 - 300
15ASPASPSERSER(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...AA233 - 50033 - 300
16ASPASPSERSER(chain A and (resid 233 through 237 or (resid 238...AA233 - 50033 - 300
21ASPASPGLUGLU(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...BB233 - 23833 - 38
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...BB23939
23ASPASPSERSER(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...BB233 - 50033 - 300
24ASPASPSERSER(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...BB233 - 50033 - 300
25ASPASPSERSER(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...BB233 - 50033 - 300
26ASPASPSERSER(chain B and (resid 233 through 238 or (resid 239...BB233 - 50033 - 300

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 35894.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-HJ9 / [4-[5-[5-(dimethylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]-2-methanoyl-5-methoxy-phenyl]boronic acid


分子量: 444.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21BN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1% Tryptone, 0.05M Hepes sodium pH 7, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→49.08 Å / Num. obs: 42873 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 36.28 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 290468 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.16-2.236.41.672276035690.460.7091.8170.997.7
8.93-49.0860.03842547090.9990.0160.04228.699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QOH

2qoh


解像度: 2.3→49.076 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 2000 5.57 %
Rwork0.2058 33900 -
obs0.2076 35900 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.1 Å2 / Biso mean: 44.1429 Å2 / Biso min: 17.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 0 164 4458
Biso mean---42.39 -
残基数----532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5615973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1252574
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2378X-RAY DIFFRACTION9.152TORSIONAL
12B2378X-RAY DIFFRACTION9.152TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3-2.35750.3251400.28152388
2.3575-2.42130.32321410.2662377
2.4213-2.49250.29251410.25962391
2.4925-2.5730.27991410.24092386
2.573-2.66490.27831410.24222392
2.6649-2.77160.25181400.22792373
2.7716-2.89770.24521410.22482389
2.8977-3.05050.29351410.22152400
3.0505-3.24160.26891430.2282427
3.2416-3.49180.26221430.20812419
3.4918-3.84310.22551430.19132425
3.8431-4.39890.20681450.17482458
4.3989-5.54090.18471460.17352485
5.5409-49.0760.21540.18692590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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