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- PDB-7dsy: Crystal Structure of RNase L in complex with KM05073 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dsy
タイトルCrystal Structure of RNase L in complex with KM05073
要素Ribonuclease L
キーワードHYDROLASE / RNase L / inhibitor / KM05073 / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / mRNA processing / protein kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNase L, RNase domain / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...RNase L, RNase domain / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-25A / Chem-HFX / PHOSPHATE ION / Ribonuclease L
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Tang, J. / Huang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778008 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of Small Molecule Inhibitors of RNase L by Fragment-Based Drug Discovery
著者: Tang, J. / Dong, B. / Liu, M. / Liu, S. / Niu, X. / Gaughan, C. / Asthana, A. / Zhou, H. / Xu, Z. / Zhang, G. / Silverman, R.H. / Huang, H.
履歴
登録2021年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Ribonuclease L
b: Ribonuclease L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2597
ポリマ－162,6562
非ポリマー2,6045
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10050 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area58210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.320, 111.050, 262.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain a and ((resid 23 and (name N or name...
21(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain a and ((resid 23 and (name N or name...aA238
12SERSERTHRTHR(chain a and ((resid 23 and (name N or name...aA22 - 7277 - 712
13SERSERTHRTHR(chain a and ((resid 23 and (name N or name...aA22 - 7277 - 712
14SERSERTHRTHR(chain a and ((resid 23 and (name N or name...aA22 - 7277 - 712
15SERSERTHRTHR(chain a and ((resid 23 and (name N or name...aA22 - 7277 - 712
16SERSERTHRTHR(chain a and ((resid 23 and (name N or name...aA22 - 7277 - 712
21LEULEUGLYGLY(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...bB23 - 5678 - 552
22GLUGLUGLUGLU(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...bB571556
23LEULEUTHRTHR(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...bB23 - 7278 - 712
24LEULEUTHRTHR(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...bB23 - 7278 - 712
25LEULEUTHRTHR(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...bB23 - 7278 - 712
26LEULEUTHRTHR(chain b and (resid 23 through 567 or (resid 571...bB23 - 7278 - 712

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease L


分子量: 81327.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: RNASEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H025
#2: 化合物 ChemComp-25A / 5'-O-MONOPHOSPHORYLADENYLYL(2'->5')ADENYLYL(2'->5')ADENOSINE / 2′-O-[2′-O-(5′-アデニリル)-5′-アデニリル]-5′-アデニル酸


分子量: 1005.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38N15O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HFX / 1-chloranyl-3-methylsulfinyl-6,7-dihydro-5H-2-benzothiophen-4-one


分子量: 248.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9ClO2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4000, 100 mM Tris, 150 mM (NH4)2SO4, 2mM DTT, pH 7.5
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→31.504 Å / Num. obs: 96516 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 78.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06505 / Net I/σ(I): 1.27
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.9465 / Num. unique obs: 4987

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M11

6m11


解像度: 2.651→31.504 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 32.67 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: the entry contains Friedel pairs
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 4837 5.01 %
Rwork0.1988 91679 -
obs0.2024 96516 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.46 Å2 / Biso mean: 103.5525 Å2 / Biso min: 42.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.651→31.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10700 0 167 119 10986
Biso mean--98.38 82.33 -
残基数----1348
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11a4084X-RAY DIFFRACTION5.791TORSIONAL
12b4084X-RAY DIFFRACTION5.791TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.651-2.68080.37491540.3674289193
2.6808-2.71230.40191610.34823102100
2.7123-2.74540.46811580.34013014100
2.7454-2.78010.37261640.33243117100
2.7801-2.81670.38961600.3183080100
2.8167-2.85520.40391580.30893117100
2.8552-2.8960.3671590.27893000100
2.896-2.93920.33881620.26663126100
2.9392-2.98510.35111600.25833066100
2.9851-3.0340.35241610.26063026100
3.034-3.08630.27461630.25083109100
3.0863-3.14230.33431670.2533119100
3.1423-3.20270.36271610.25332998100
3.2027-3.2680.36961670.26053091100
3.268-3.3390.35561620.24843082100
3.339-3.41660.30841590.23773047100
3.4166-3.50190.29191640.23013133100
3.5019-3.59650.28411640.21633067100
3.5965-3.70220.33151670.2175310199
3.7022-3.82150.26261560.1941298699
3.8215-3.95780.23351670.1913138100
3.9578-4.11590.31191550.1844296199
4.1159-4.30280.24021570.1738305399
4.3028-4.5290.24191620.1624306699
4.529-4.81190.24051580.1597303599
4.8119-5.18190.2351630.1707301599
5.1819-5.70060.26511650.1801307399
5.7006-6.51910.25881630.1845307799
6.5191-8.18950.20861630.1625302999
8.1895-31.5040.21091570.1608296096
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.8323 Å / Origin y: -26.203 Å / Origin z: -43.2097 Å
111213212223313233
T0.601 Å2-0.0326 Å20.0299 Å2-0.4918 Å20.0244 Å2--0.5736 Å2
L0.6909 °20.2896 °20.3702 °2-1.3329 °20.8211 °2--2.2475 °2
S0.1785 Å °-0.1031 Å °0.0394 Å °0.5574 Å °-0.0148 Å °-0.0987 Å °0.4684 Å °0.2192 Å °-0.1288 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1alla22 - 727
2X-RAY DIFFRACTION1alla801
3X-RAY DIFFRACTION1alla901
4X-RAY DIFFRACTION1allb23 - 727
5X-RAY DIFFRACTION1allb801
6X-RAY DIFFRACTION1allb901
7X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 121
8X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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