PDB-7ds7: The Crystal Structure of Leaf-branch compost cutinase from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ds7

タイトル

The Crystal Structure of Leaf-branch compost cutinase from Biortus.

要素

Leaf-branch compost cutinase

キーワード

HYDROLASE / catalytic activity / hydrolase activity / acting on ester bonds

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Unknown prokaryotic organism (未定義)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Wang, F. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Chu, F. / Xu, X. / Tan, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Leaf-branch compost cutinase from Biortus.
著者: Wang, F. / Lv, Z. / Cheng, W. / Lin, D. / Chu, F. / Xu, X. / Tan, J.

履歴

登録	2020年12月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ds7.cif.gz	68.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ds7.ent.gz	45.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ds7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7ds7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/7ds7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6thtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eb0-d 6tht-d 6ths-d 6kuo-d 5lui-d 7ctr-1 3vis-2 5luj-d 4cg2-d 6scd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (6)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Leaf-branch compost cutinase

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.412, 109.412, 35.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Leaf-branch compost cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PETase 分子量: 29805.250 Da / 分子数: 1 / 変異: Y127G,S165A,D238C,F243I,S283C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Unknown prokaryotic organism (未定義) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.6M imidazole, 0.1M tri-sodium citrate PH7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.38 Å / Num. obs: 13146 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.22 Å / R_merge(I) obs: 0.262 / Num. unique obs: 1117

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6tht

6tht

解像度: 2.15→47.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 4.606 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	678	5.158 %
R_work	0.1803	12466	-
all	0.183	-	-
obs	-	13144	98.082 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0.075 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.485 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1948	0	24	114	2086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.645	2796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.125	1.564	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.508	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.642	20.7	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.403	15	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.029	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.202	1.052	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.201	1.051	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.373	1.575	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.373	1.576	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.161	1.105	997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.149	1.098	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.293	1.648	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.293	1.651	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.664	12.687	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.664	12.704	2258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.249	69	0.198	885	X-RAY DIFFRACTION	94.5491
2.206-2.267	0.222	51	0.198	885	X-RAY DIFFRACTION	99.6805
2.267-2.332	0.302	53	0.192	826	X-RAY DIFFRACTION	93.9103
2.332-2.404	0.288	40	0.189	849	X-RAY DIFFRACTION	98.9978
2.404-2.483	0.281	41	0.18	795	X-RAY DIFFRACTION	96.5358
2.483-2.57	0.266	38	0.204	784	X-RAY DIFFRACTION	97.7408
2.57-2.667	0.258	38	0.19	783	X-RAY DIFFRACTION	98.5594
2.667-2.776	0.184	36	0.184	720	X-RAY DIFFRACTION	97.4227
2.776-2.899	0.214	34	0.189	717	X-RAY DIFFRACTION	99.2074
2.899-3.04	0.246	46	0.197	664	X-RAY DIFFRACTION	97.931
3.04-3.205	0.22	34	0.195	653	X-RAY DIFFRACTION	98.1429
3.205-3.399	0.211	27	0.187	611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.399-3.633	0.2	30	0.187	586	X-RAY DIFFRACTION	98.7179
3.633-3.924	0.194	21	0.167	559	X-RAY DIFFRACTION	99.4854
3.924-4.298	0.187	33	0.145	490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.298-4.804	0.17	23	0.146	465	X-RAY DIFFRACTION	99.389
4.804-5.544	0.184	25	0.158	394	X-RAY DIFFRACTION	99.7619
5.544-6.785	0.162	10	0.162	366	X-RAY DIFFRACTION	99.7347
6.785-9.57	0.218	19	0.125	271	X-RAY DIFFRACTION	100
9.57-47.38	0.414	10	0.173	163	X-RAY DIFFRACTION	98.8571

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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