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- PDB-7dry: Crystal structure of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dry
タイトルCrystal structure of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase
要素CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / deaminase / CDA fold / riboflavin
機能・相同性Invertebrate-AID/APOBEC-deaminase / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding / CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Chen, S.C. / Liaw, S.H. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of Aspergillus oryzae Rib2 deaminase: the functional mechanism involved in riboflavin biosynthesis.
著者: Chen, S.C. / Ye, L.C. / Yen, T.M. / Zhu, R.X. / Li, C.Y. / Chang, S.C. / Liaw, S.H. / Hsu, C.H.
履歴
登録2020年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3264
ポリマ－26,0681
非ポリマー2583
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area8840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.410, 87.410, 60.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CMP/dCMP-type deaminase domain-containing protein


分子量: 26068.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: RIB 40 / 遺伝子: AO090026000280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UFA9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.5 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→30 Å / Num. obs: 43068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.746 / Num. unique obs: 4217

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.44→21.85 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 2098 5.06 %RANDOM
Rwork0.1715 39390 --
obs0.1728 41488 96.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.24 Å2 / Biso mean: 23.1639 Å2 / Biso min: 7.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→21.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1446 0 11 224 1681
Biso mean--40.68 36.72 -
残基数----186
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.44-1.470.2299930.21071588168160
1.47-1.510.23061170.21752383250089
1.51-1.550.22061530.20192631278499
1.55-1.60.22791410.189526892830100
1.6-1.650.18911480.184326842832100
1.65-1.710.22751590.18626752834100
1.71-1.780.21011440.189226972841100
1.78-1.860.18711440.175226972841100
1.86-1.950.21211360.184927072843100
1.95-2.080.1871390.164827212860100
2.08-2.240.19411630.167226992862100
2.24-2.460.2011510.167127122863100
2.46-2.820.19911520.173427672919100
2.82-3.550.18951160.158228322948100
3.55-21.850.18581420.16132908305099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84623.0742-3.19197.0282-5.2936.1877-0.1786-0.0863-0.2655-0.3159-0.0056-0.29490.40770.07310.18270.0963-0.00660.00940.1319-0.05250.12542.050215.57012.5871
23.25592.15611.2874.77062.4642.7141-0.21160.01610.7646-0.20730.0764-0.0723-0.85090.36660.18530.1952-0.1056-0.02310.1925-0.03760.249347.863731.86294.0262
32.13230.3329-0.26492.9147-1.12232.2002-0.0321-0.0678-0.165-0.03640.07220.02710.15810.0106-0.04980.0726-0.0110.01120.0763-0.02870.0932.928118.60935.6106
42.9342-0.91380.50711.2599-0.76212.29850.0517-0.23120.00080.10950.0397-0.0282-0.0369-0.0146-0.07670.0986-0.02360.02490.0751-0.02050.106430.590528.26435.8536
52.1296-0.47210.95884.6687-1.6032.2104-0.1332-0.29850.18230.48770.19510.2837-0.5983-0.4034-0.03770.18130.02680.05530.1429-0.0240.168622.179130.947710.1572
60.32960.4593-0.65541.852-0.8791.3045-0.0071-0.1509-0.14960.09630.12710.29350.0731-0.1267-0.10280.1066-0.02890.02850.09650.02140.163425.263415.105210.9447
72.3348-0.0074-0.00762.8289-0.10121.52370.0196-0.33610.21630.31890.05560.1566-0.23760.0461-0.05650.1797-0.01970.02590.1557-0.03630.096533.91825.361516.4547
81.78890.74840.5323.43030.48150.74950.0988-0.64120.05120.8584-0.1296-0.4241-0.16860.1632-0.08750.2472-0.0959-0.04830.3342-0.06950.207248.066225.071416.7294
97.7436-1.4595-3.4914.59941.29566.8095-0.1272-0.64250.11820.81520.1458-0.2049-0.06440.21230.02710.2441-0.0131-0.02590.18460.01290.103139.883717.945720.0193
104.6485-1.25590.20193.668-1.80753.40660.0595-0.0050.20450.199-0.0965-0.2799-0.26410.5939-0.00450.1112-0.0758-0.00090.2676-0.06390.13654.392624.86046.3282
116.78823.0794-3.25996.9354-1.58466.58650.2907-0.3722-0.25061.1665-0.5549-0.6642-0.36140.78030.23060.3602-0.1557-0.09210.4748-0.05250.252259.076323.966211.6385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 18 )A3 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 28 )A19 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 61 )A29 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 73 )A62 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 83 )A74 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 84 through 97 )A84 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 98 through 132 )A98 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 133 through 144 )A133 - 144
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 145 through 163 )A145 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 164 through 177 )A164 - 177
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 178 through 188 )A178 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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