PDB-7dqb: Crystal structure of an IclR homolog complexed with 4-hydroxybenz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dqb

タイトル

Crystal structure of an IclR homolog complexed with 4-hydroxybenzoate from Microbacterium hydrocarbonoxydans in P212121 form

要素

IclR homolog

キーワード

TRANSCRIPTION / Complex

機能・相同性

P-HYDROXYBENZOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Akiyama, T. / Sasaki, Y. / Ito, S. / Yajima, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the conformational changes in Microbacterium hydrocarbonoxydans IclR transcription factor homolog due to ligand binding.
著者: Akiyama, T. / Sasaki, Y. / Ito, S. / Yajima, S.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dqb.cif.gz	108.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dqb.ent.gz	79.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cuoC 5h1aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7cuo-d 2rdi-d 5obl-1 1gv4-1 5v1y-d 6fxe-d 3icj-d 4jb7-1 6m7t-d 1gv4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IclR homolog

B: IclR homolog

ヘテロ分子

58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.071, 74.642, 104.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	IclR homolog 分子量: 29323.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microbacterium hydrocarbonoxydans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 0.1 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.1 M potassium phosphate monobasic, 2.0 M sodium chloride, and 1 mM 4-HBA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 27794 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1382 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5H1A

5h1a

解像度: 2.101→48.222 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.93 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	1405	5.062 %
R_work	0.2147	26350	-
all	0.215	-	-
obs	-	27755	94.559 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.496 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.716 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→48.222 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3654	0	20	77	3751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.637	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.222	1.568	8534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.404	5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.927	18.654	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.222	15	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.097	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.143	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.331	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.369	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.53	3.634	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.524	3.633	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.458	5.446	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.458	5.447	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.014	3.981	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.013	3.98	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.254	5.85	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.253	5.849	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.561	43.362	3899
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.561	43.358	3897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.101-2.155	0.321	104	0.305	1920	X-RAY DIFFRACTION	95.3817
2.155-2.214	0.294	90	0.278	1939	X-RAY DIFFRACTION	96.6651
2.214-2.278	0.267	79	0.264	1848	X-RAY DIFFRACTION	96.3982
2.278-2.348	0.297	100	0.266	1810	X-RAY DIFFRACTION	96.3187
2.348-2.425	0.26	83	0.242	1768	X-RAY DIFFRACTION	96.3059
2.425-2.51	0.276	93	0.242	1672	X-RAY DIFFRACTION	95.8718
2.51-2.605	0.251	83	0.243	1622	X-RAY DIFFRACTION	95.7327
2.605-2.711	0.305	82	0.252	1565	X-RAY DIFFRACTION	95.3125
2.711-2.831	0.232	93	0.235	1481	X-RAY DIFFRACTION	95.1632
2.831-2.969	0.242	82	0.232	1427	X-RAY DIFFRACTION	94.6082
2.969-3.129	0.253	76	0.226	1352	X-RAY DIFFRACTION	94.382
3.129-3.318	0.228	71	0.224	1282	X-RAY DIFFRACTION	94.2201
3.318-3.547	0.178	75	0.202	1188	X-RAY DIFFRACTION	93.5556
3.547-3.83	0.214	75	0.195	1101	X-RAY DIFFRACTION	93.2593
3.83-4.193	0.167	49	0.176	1052	X-RAY DIFFRACTION	92.4433
4.193-4.686	0.165	43	0.156	926	X-RAY DIFFRACTION	91.6745
4.686-5.405	0.185	44	0.189	822	X-RAY DIFFRACTION	90.9664
5.405-6.607	0.221	32	0.214	699	X-RAY DIFFRACTION	90.1356
6.607-9.289	0.117	32	0.154	552	X-RAY DIFFRACTION	89.1603
9.289-48.2	0.166	19	0.206	324	X-RAY DIFFRACTION	85.3234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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